关于单位让员工签字按手印是否有效的问题，这主要取决于具体的法律情境和合同内容，但我可以从一般法律原则和实际操作的角度，为您详细分析这个问题。

首先，从法律原则上看，签名和按手印都是确认身份和表达意愿的方式。签名是个人自然的书写流露，能够体现个人的真实意思，是法律上常用的确认身份和意愿的方式。而按手印，虽然在现代社会一般不单独使用，但其明确身份的作用是毋庸置疑的，因为每个人的指纹具有绝对唯一性。

然而，单独使用签名或按手印都可能存在一定的风险。签名可能存在被伪造或事后不认可的情况，特别是当签名不够清晰或存在艺术签名等难以识别的情形时。而按手印虽然身份确认无误，但不易体现个人的自由意志，且在某些极端情况下（如旧社会的刑讯逼供），可能存在非自愿按手印的情况。

因此，在司法实践中，最为慎重的选择是签名与按手印的结合。这种方式能够互取其长，互补其短。签名体现了个人的真实意愿和书写习惯，而按手印则提供了无可置疑的身份确认。这种结合方式在签订重要合同或文件时尤为常见，也是规避风险的实用性选择。

对于单位让员工签字按手印的情况，如果这是为了确认员工的身份和意愿，且合同内容合法合规，那么这种方式在法律上是有效的。但单位应当确保员工是在自愿、知情的情况下进行签字按手印的，避免存在欺诈、胁迫等情形。同时，单位也应当妥善保管好相关文件，以备不时之需。

此外，如果合同或文件涉及重要权益或义务，建议单位在要求员工签字按手印的同时，也加盖单位公章或合同专用章，以进一步增强文件的法律效力和公信力。

综上所述，单位让员工签字按手印在法律上是有效的，但应当确保员工自愿、知情，并妥善保管好相关文件。如果涉及重要权益或义务，建议加盖单位公章或合同专用章以增强法律效力。