针对您提出的“个人运输烟草超过50条怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：
一、法律界定与处罚原则
根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，个人运输烟草制品的数量是受到严格限制的。一般来说，个人异地携带卷烟的最高限量为每人次1万支（即50条）。若超过此限量且未持有合法有效的准运证，则构成违法行为，将面临烟草专卖行政主管部门的行政处罚，并可能触及刑事责任。
二、行政处罚措施
没收与罚款：
- 若您个人运输的烟草制品超过50条且未持有准运证，烟草专卖行政主管部门将没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。
- 同时，根据违法运输的烟草制品价值，您还可能面临50%以上一倍以下的罚款。若涉及的总金额较大，罚款比例和金额会相应增加。
取消经营资格：
- 在情节严重的情况下，您还可能被取消从事烟草专卖业务的资格。
三、刑事责任判定
走私罪：
- 若您在运输过程中存在逃避海关监管、偷逃应纳税款等走私行为，且运输的烟草制品数量较大，将触犯《中华人民共和国刑法》中关于走私罪的相关规定。
- 根据走私情节的严重程度，您可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处偷逃应缴税额一倍以上五倍以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处相应罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处相应罚金或没收财产。
非法经营罪：
- 若您没有合法有效的准运证等手续，大量运输烟草专卖品，扰乱市场秩序，且情节严重，还可能涉嫌非法经营罪。
- 根据非法经营的情节，您可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
四、特殊情形与注意事项
准运证要求：
- 托运或自运烟草专卖品必须持有准运证，且数量不得超过准运证规定的数量。无准运证或超量运输将面临罚款等处罚。
邮寄限制：
- 通过邮寄方式运输卷烟时，每次限寄两条（400支）。超量邮寄将按无证运输处理，可能面临没收和罚款等处罚。
地区差异：
- 具体的处罚标准可能因地区差异而有所不同。烟草专卖行政主管部门在进行处罚时会依据相关证据和法律程序进行判定。
五、建议与总结
为了避免不必要的法律风险和损失，我建议您在运输烟草制品时严格遵守相关法律法规，确保持有合法有效的准运证，并控制运输数量在法定限额内。若您确实需要运输大量烟草制品，建议提前向当地烟草专卖行政主管部门咨询并办理相关手续。
综上所述，个人运输烟草超过50条将面临严格的法律制裁，包括但不限于没收违法所得、罚款以及可能的刑事责任。因此，请务必严格遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。