三方协议并非实习期结束后签订，而是根据实习的性质和目的，在实习开始前或实习期间，当满足一定条件时签订。以下是对这一问题的详细解析：
一、三方协议的定义与性质
三方协议，全称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题，具有一定的法律效力。
二、三方协议的签订时机与条件
长期实习且有可能留用：
- 对于尚未毕业、以就业为目的的实习学生，特别是在毕业前到企业进行较长时间实习并有可能毕业后正式留用的情况，三方协议通常会在实习开始前或实习期间签订。这样做的目的是为了明确毕业生、用人单位和学校三方的权利和义务，为毕业生的就业提供法律保障。
学校或单位要求：
- 有些学校或实习单位可能会明确要求签订三方协议，以保障各自的权益和明确责任。在这种情况下，三方协议的签订时机也会根据学校或单位的要求来确定。
实习生与用人单位的协商：
- 除了上述两种情况外，实习生与用人单位也可以根据双方的协商和意愿来决定是否签订三方协议以及签订的时机。如果双方都认为有必要签订三方协议，并且达成了共识，那么就可以在实习开始前或实习期间签订。
三、实习期间的其他法律保障
实习协议：
- 无论是否签订三方协议，实习生都应当与实习单位签订实习协议。实习协议是明确实习生与实习单位之间权利和义务的重要法律文件，包括实习期限、实习报酬、工作内容、劳动保护和工作条件等重要内容。签订实习协议能够保障实习生的合法权益，避免在实习过程中发生纠纷时无法可依。
法律保障：
- 即使未签署三方协议或实习协议，实习生仍享有基本的法律保障。用人单位应为实习生提供符合国家规定的安全卫生的工作环境，保证其人身安全不受危害。同时，实习生在实习期间若发生伤害事故，虽然不属于工伤范畴，但仍可以向用人单位主张权利或由学校基于与单位之间的实习合同相关约定主张权利。
四、建议与注意事项
明确协议内容：
- 如果决定签订三方协议或实习协议，应详细列明实习生的实习时间、工作时间、实习费、实习内容等细节，以及各方在实习期间的权利和义务。确保协议内容清晰、具体，避免模糊不清的表述。
注意协议失效条件：
- 一旦实习生与用人单位签订劳动合同，原先的三方协议或实习协议便会自然失效。因此，在签署劳动合同时，实习生应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
寻求法律援助：
- 如果在实习过程中遇到任何法律问题或纠纷，实习生应及时向学校、家长或专业律师寻求帮助和支持。
综上所述，三方协议的签订时机并非固定在实习期结束后，而是根据实习的性质、目的以及实习生和实习单位的具体需求和安排来确定。无论是否签订三方协议或实习协议，实习生都应了解自己的权利和义务，并在必要时寻求法律援助以保护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。