针对您提出的事业单位工作人员违规在村集体经济组织领取补贴的问题，这是一个涉及法律法规和纪律规定的严肃议题，必须依据相关规定进行严肃处理。以下是我为您详细梳理的处理流程和措施：
一、调查核实与违规性质认定
启动调查：一旦发现事业单位工作人员可能存在违规在村集体经济组织领取补贴的行为，其所在单位、上级主管部门或纪检监察机关应立即启动调查程序，确保调查的全面性和公正性。
收集证据：调查过程中，需通过查阅财务账目、文件资料、合同协议以及银行流水等多种方式，全面收集证明违规行为的证据，明确涉及金额和违规方式等关键信息。
法规政策判断：依据《事业单位工作人员处分暂行规定》、相关财政法规以及本单位内部的薪酬管理制度，对取酬行为是否违规进行判断，并确定违规的具体情形。
责任程度确定：结合调查结果，明确涉事人员在违规行为中的责任大小，区分主要责任、次要责任和共同责任，为后续处理提供依据。
二、处理措施
纪律处分：根据违规情节的轻重，给予涉事人员警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除等纪律处分。纪律处分的影响期将明确，并在影响期内限制其岗位晋升、职称评定和绩效工资分配等。
经济处理：责令涉事人员退还全部违规所得，确保公共财政资金的安全和合规使用。同时，视情况对违规人员处以罚款，罚款金额将根据违规情节和后果进行确定。
法律制裁：如果违规取酬行为构成违法，将依法受到相关行政部门的处罚，如罚款等。在极少数情况下，如果违规行为构成犯罪（如贪污、受贿），将依法追究刑事责任。
其他处理：对于情节较轻的违规行为，可以进行诫勉谈话，批评教育并要求书面检讨。同时，在一定范围内通报批评违规行为，以警示其他人员。
三、后续监督与整改
跟踪监督：确保处理决定得到切实执行，包括退还违规所得、接受纪律处分等。同时，对涉事人员的后续行为进行跟踪监督，防止类似问题再次发生。
制度完善：针对违规事件暴露的制度漏洞和管理问题，完善薪酬管理制度、财务监管制度以及人员兼职管理规定等，从源头上防止类似问题再次发生。
加强预防与监管：建立健全薪酬管理的监督和审计机制，加强对事业单位人员薪酬的监管。同时，加强宣传教育，提高事业单位人员的法律意识和职业道德水平，增强自律意识。
综上所述，对于事业单位工作人员违规在村集体经济组织领取补贴的问题，必须采取严肃认真的态度进行处理。通过调查核实、明确责任、采取处理措施以及加强后续监督与整改，确保公共财政资金的安全和合规使用，维护事业单位的纪律和秩序，保障事业单位的健康发展。