政府储备农用土地上的违建，需根据违建性质、土地用途管制要求及法律法规规定，依法分类处理，核心原则是恢复土地原状、消除违法状态，并追究相关责任。具体处理方式如下：

1. 确认违建性质与土地用途
   首先需明确违建是否属于“擅自改变土地用途”或“未经批准占用土地”两类。若违建是在政府储备的农用土地（如耕地、林地、草地等）上未经批准建设的建筑物、构筑物，或虽经批准但擅自改变用途（如将农用地转为建设用地未办理转用手续），则属于违法用地行为，需依据《土地管理法》《城乡规划法》等法律处理。

2. 分类处理方式

   • 未取得合法手续的违建：若违建未取得任何审批手续（如建设工程规划许可证、乡村建设规划许可证等），且占用的是农用地（尤其是基本农田），根据《土地管理法》第七十七条，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，可没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并处罚款（按占用耕地面积每平方米100元至1000元标准）。
     
   • 已取得部分手续但超范围或改变用途的违建：若违建虽取得部分手续（如部分用地许可），但实际建设超出批准范围或擅自改变用途（如将农业设施用地改为工业、商业用途），需根据《城乡规划法》第六十四条，由城乡规划主管部门责令停止建设，限期改正（对尚可采取改正措施消除影响的，限期改正并处罚款）；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入，并处罚款。
     
   • 历史遗留违建的特殊处理：若违建形成时间较早（如2008年《城乡规划法》实施前），且符合当时政策但未补办手续的，可能属于“历史遗留问题”。此类违建需结合地方政策处理，部分地区可能通过补办手续、完善登记等方式逐步规范，但若涉及基本农田或严重违反土地用途管制，仍需拆除或恢复原状。

3. 责任追究与强制执行

   • 行政责任：对违建责任人（如建设单位、个人）可处以罚款，并责令限期拆除或恢复原状；对拒不履行的，由行政机关依法申请法院强制执行。
     
   • 刑事责任：若违建涉及非法占用农用地（尤其是基本农田），且数量较大（如非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），可能构成《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，对责任人处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
     
   • 党政纪责任：若违建涉及公职人员（如政府工作人员、村干部）参与或纵容，可能追究其党政纪责任（如警告、记过、开除等）。

4. 处理程序与救济途径

   • 行政程序：通常由自然资源主管部门或城乡规划主管部门立案调查，作出行政处罚决定（如限期拆除、罚款等），并依法送达当事人；当事人不服的，可申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 强制执行：若当事人未在法定期限内履行处罚决定，行政机关可申请法院强制执行；法院裁定准予执行的，由行政机关或法院组织实施拆除。
     
   • 救济途径：当事人对处罚决定不服的，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或在6个月内直接向法院提起行政诉讼；对法院判决不服的，可依法上诉或申请再审。

总结：政府储备农用土地上的违建处理需严格依据土地用途管制要求，区分违建性质与情节轻重，依法采取拆除、没收、罚款等措施，并追究相关责任。若您涉及此类问题，可直接向我咨询具体处理方案。