公司发现员工虚假填报个人信息时，应视情节严重程度及公司制度规定，采取合法合规的处理措施，包括但不限于警告、解除劳动合同及追究法律责任。具体分析如下：

1. 内部调查与核实
   公司应首先启动内部调查程序，核实员工填报信息的虚假性。调查过程中需确保程序合法，避免侵犯员工隐私权或其他合法权益。例如，可要求员工提供相关证明材料，或通过合法途径（如向第三方机构核实）进行查证。若调查确认员工存在虚假填报行为，公司应固定证据（如书面记录、录音录像、第三方证明等），为后续处理提供依据。

2. 依据公司制度处理
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。因此，公司需首先确认内部规章制度（如《员工手册》《招聘管理制度》）中是否明确规定“虚假填报个人信息”属于严重违纪行为，并已通过民主程序公示或告知员工。若制度有明确规定，公司可依据制度对员工进行警告、记过、降职降薪或解除劳动合同等处罚；若制度未明确规定，公司需谨慎处理，避免因程序瑕疵导致解除行为被认定为违法。

3. 解除劳动合同的合法性审查
   若公司决定解除劳动合同，需满足以下条件：

   • 事实依据充分：员工虚假填报的信息需与劳动合同履行直接相关（如学历、工作经历、健康状况等），且虚假行为足以影响公司对其任职资格的判断。例如，员工虚构学历导致公司误录，或隐瞒传染病史可能危害公共安全。
     
   • 程序合法：公司需履行法定程序，包括事先将解除理由通知工会（如有）、向员工送达书面解除通知等。若未履行程序，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）。
     
   • 比例原则：解除劳动合同应为最严厉的处罚措施，仅适用于情节严重、屡教不改或造成重大损失的情形。若员工虚假行为轻微（如虚报年龄但未影响任职），公司可优先选择警告、记过等较轻处罚。

4. 追究法律责任的可能性
   若员工虚假填报行为给公司造成经济损失（如培训费用、招聘成本、商业机会损失等），公司可依据《民法典》第一千一百六十五条要求员工承担赔偿责任。此外，若员工通过虚假信息骗取财物（如虚构报销凭证），可能涉嫌诈骗罪，公司可向公安机关报案，追究其刑事责任。

5. 预防与合规建议
   为避免类似纠纷，公司应：

   • 在招聘环节明确告知员工信息填报的真实性要求，并要求签署诚信承诺书；
     
   • 完善背景调查机制，对关键岗位员工进行学历、工作经历等核心信息的核实；
     
   • 定期修订内部制度，明确虚假填报信息的处罚标准，并通过培训、考试等方式确保员工知悉；
     
   • 处理过程中保留完整证据链，避免因证据不足导致败诉风险。

行动建议：公司应根据虚假行为的性质、后果及制度规定，选择合适的处理方式。若需进一步评估解除劳动合同的合法性或设计赔偿方案，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范措施。