结论：预付款约定为签约合同价的40%时，是否扣除暂列金，主要取决于合同中的具体约定。若合同明确约定预付款计算基数需扣除暂列金，则应扣除；若合同未明确约定或约定不明，则通常不扣除，但需结合合同整体解释、行业惯例及双方交易目的等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同明确约定扣除暂列金的情况
若租赁合同中明确约定“预付款为签约合同价（扣除暂列金后）的40%”，或类似表述直接排除了暂列金在预付款计算基数之外，则双方应严格按照合同约定执行。此时，暂列金作为合同价款中预留的、用于应对未来可能发生的变更或额外支出的部分，在计算预付款时已被明确排除，因此无需计入预付款基数。
示例：假设合同总价为100万元，其中暂列金为10万元，合同约定预付款为签约合同价（扣除暂列金后）的40%。则预付款计算基数为90万元（100万元-10万元），预付款金额为36万元（90万元×40%）。
二、合同未明确约定或约定不明的情况
若租赁合同中未明确约定预付款计算基数是否扣除暂列金，或约定存在歧义，则需结合以下因素综合判断：
合同整体解释原则：根据《民法典》第一百四十二条，有相对人的意思表示的解释，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。因此，在解释合同条款时，应综合考虑合同整体内容、双方交易目的及行业惯例等因素。
行业惯例：在租赁合同领域，若行业惯例中通常将暂列金视为合同价款的一部分，且未明确排除在预付款计算基数之外，则可能倾向于不扣除暂列金。然而，若行业惯例或特定交易中存在将暂列金单独处理的做法，则需根据具体情况判断。
双方交易目的：若双方签订合同的目的在于确保承租方在租赁初期获得足够的资金支持，以履行其租赁义务（如装修、购置设备等），则可能倾向于不扣除暂列金，以确保预付款的充足性。反之，若出租方出于风险控制目的，希望限制预付款金额，则可能倾向于扣除暂列金。
公平原则：根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。因此，在解释合同条款时，应确保双方权利义务的平衡，避免一方因条款解释不当而遭受不公平待遇。
综合判断示例：假设合同总价为100万元，其中暂列金为10万元，合同未明确约定预付款计算基数是否扣除暂列金。若行业惯例中通常将暂列金视为合同价款的一部分，且双方交易目的在于确保承租方获得足够资金支持，同时遵循公平原则，则可能倾向于不扣除暂列金，即预付款计算基数为100万元，预付款金额为40万元（100万元×40%）。然而，若出租方提出合理理由（如风险控制）要求扣除暂列金，且该理由得到双方认可或符合行业惯例中的特殊处理方式，则可能扣除暂列金。
三、建议与风险提示
明确合同条款：为避免争议，建议在签订租赁合同时，明确约定预付款计算基数是否扣除暂列金，以及扣除的具体方式（如按比例扣除、全额扣除等）。
咨询专业意见：在签订合同前，双方可咨询专业律师或行业专家，以确保合同条款的合法性、合理性和可执行性。
保留相关证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与预付款支付、暂列金使用等相关的证据材料，以备不时之需。
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