若两起案件属于同一法律关系或存在紧密关联，且该公司为共同被告或必要诉讼参与人，可考虑合并起诉；若两起案件法律关系独立、无实质关联，则需分别起诉。以下为具体分析：

1. 合并起诉的情形
   若两起案件涉及同一法律事实（如公司因同一合同违约引发两起纠纷）、同一法律关系（如公司作为共同侵权人涉及两起侵权案件），或案件处理结果存在直接牵连（如前案判决结果影响后案责任认定），可向法院申请合并审理。此时需满足《民事诉讼法》第55条关于共同诉讼的条件，即“当事人一方或双方为二人以上，诉讼标的是共同的或同一种类”。合并起诉可提高诉讼效率，避免裁判冲突，但需注意不同法院管辖权冲突问题（如案件分属不同地区法院管辖时，需协商指定管辖或移送至有管辖权的法院合并审理）。

2. 分别起诉的情形
   若两起案件法律关系独立（如一起是合同纠纷，另一起是侵权纠纷）、事实无关联（如不同部门实施的违法行为），或诉讼标的不同（如要求公司承担不同性质的赔偿责任），则需分别向有管辖权的法院提起诉讼。此时需注意诉讼时效问题（如两起案件的起诉期限不同），以及证据收集的针对性（需分别准备与每起案件相关的证据材料）。若两起案件虽独立但存在程序衔接需求（如前案执行结果影响后案履行能力），可向法院说明情况，申请中止审理或协调处理。

实务建议：

• 起诉前需梳理两起案件的法律关系图谱，明确是否存在合并审理的法定情形；
  
• 若选择合并起诉，需在起诉状中详细说明案件关联性，并提交初步证据（如合同、侵权行为证据等）；
  
• 若分别起诉，需注意两起案件的诉讼策略协调（如避免在两案中作出矛盾陈述），并关注前案判决对后案的既判力影响。
  

如有具体案件细节（如案件类型、管辖法院、公司参与程度等），可进一步向我咨询，我会结合实务经验提供针对性方案。