股东协议中，若由一方负责经营，另一方可通过以下方式有效约束经营者不得从事非法活动：
一、明确约定非法活动的定义与范围
在股东协议中，首先应当明确界定“非法活动”的具体含义和范围。这可以包括但不限于违反法律法规的行为、损害公司或股东利益的行为、违反商业道德的行为等。通过具体列举或概括性描述，确保双方对非法活动有清晰、统一的认识。
示例条款： “本协议所称非法活动，包括但不限于以下行为：……（具体列举或概括性描述）。”
二、设定经营者义务与责任
合法经营义务：明确要求经营者在管理公司过程中，必须遵守国家法律法规，不得从事任何非法活动。
报告义务：规定经营者有义务定期向非经营股东报告公司的经营状况和财务状况，包括但不限于重大决策、合同签订、财务收支等，以便非经营股东及时了解公司情况，监督经营者的行为。
违约责任：设定经营者违反合法经营义务时的违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金、解除职务等。这可以增强对经营者的约束力，促使其遵守协议约定。
示例条款： “经营者应确保公司合法经营，不得从事任何非法活动。如经营者违反本协议约定，从事非法活动，应承担由此给公司或其他股东造成的全部损失，并支付违约金人民币XX万元。”
三、建立监督机制与制衡措施
设立监督机构：在股东协议中约定设立监督机构（如监事会或独立董事），负责监督经营者的行为，确保其合法合规。
审计与检查：规定定期对公司进行审计和检查，包括财务审计、业务合规性检查等，以发现并纠正经营者的非法行为。
股东会决议：明确股东会有权对经营者的重大决策进行审议和表决，确保经营者的行为符合股东的整体利益。
四、约定争议解决方式
在股东协议中约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。这可以在发生争议时，为双方提供明确的解决路径，避免争议升级和扩大化。
示例条款： “如双方在本协议履行过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，可提交至XX仲裁委员会进行仲裁；仲裁不成的，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。”
五、法律建议与风险提示
法律审查：在签订股东协议前，建议双方聘请专业律师对协议内容进行法律审查，确保协议条款的合法性和有效性。
动态调整：随着公司发展和市场环境的变化，股东协议可能需要动态调整。建议双方定期评估协议的执行情况，并根据需要修改和完善协议条款。
风险防范：非经营股东应增强风险防范意识，密切关注公司的经营状况和财务状况，及时发现并纠正经营者的非法行为。
作为沈权峰律师，我擅长处理公司法务领域的各类问题，包括股权纠纷、合伙联营、加盟经营等。如果您在股东协议或其他公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。