违规承接工程且股东获利的情况下，股东需承担法律责任，获利可能被追缴，并可能面临行政处罚或刑事责任。具体处理方式需结合违规性质、获利情况及法律规定综合判断，以下分情况说明：

1. 行政责任：违规承接工程的处罚

• 若公司或股东通过挂靠、转包、违法分包等方式承接工程，违反《建筑法》《招标投标法》等规定，行政主管部门可责令改正，没收违法所得，并处罚款（如工程合同价款的2%-4%）。
• 股东作为直接责任人员，可能被处以罚款（如个人违法所得的2%-5%），若情节严重（如多次违规、造成重大损失），可能被限制市场准入或吊销执业资格。

2. 刑事责任：构成犯罪的情形

• 串通投标罪：若股东通过贿赂、胁迫等手段中标工程，可能触犯《刑法》第223条，处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
• 行贿罪/受贿罪：若股东为承接工程向他人行贿，或国家工作人员利用职务便利收受股东财物，可能分别构成行贿罪或受贿罪，最高可处无期徒刑。
• 非法经营罪：若股东未取得资质擅自承接工程，情节严重的，可能构成非法经营罪，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得1-5倍罚金。

3. 民事责任：获利追缴与赔偿

• 违法所得追缴：根据《行政处罚法》，股东因违规承接工程获得的利润属于违法所得，行政机关可依法没收。
• 民事赔偿：若违规行为导致工程质量问题、拖欠农民工工资等，股东可能需对公司债务承担连带责任（如一人公司股东未证明财产独立时）。

4. 股东内部责任分担

• 若公司为有限责任公司，股东原则上以出资额为限承担责任。但若股东滥用公司法人独立地位（如财产混同、过度支配），可能被“刺破公司面纱”，对公司债务承担连带责任。
• 实际控制人责任：若股东通过隐名持股、协议控制等方式实际操控公司违规行为，可能被认定为实际控制人，承担相应责任。

5. 合规建议

• 立即整改：停止违规行为，补办资质或重新招标。
• 主动退还获利：向行政机关或法院申请退还违法所得，减轻处罚。
• 完善合规制度：建立工程承接审查机制，避免股东个人行为与公司财产混同。

提示：具体处理需结合违规细节（如是否涉及国家利益、是否造成重大事故等）。若有进一步信息，可直接向我咨询，我将结合案例与法条为您详细分析。