结论：合同签订了共同共有，在办理房产证时一般不可以直接按份共有，但存在特殊情况及补救措施。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定与产权登记的通常关系
在房屋买卖或共有关系设立的合同中，若明确约定了共同共有，这意味着各方在合同层面已经就共有方式达成了一致，即各方对房屋不分份额地共同享有所有权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。因此，在合同明确约定共同共有的情况下，办理房产证时通常应按照合同约定的共同共有方式进行登记。
二、特殊情况下的变更可能性
尽管合同约定了共同共有，但在某些特殊情况下，可能存在变更共有方式为按份共有的可能性。这主要取决于以下几个因素：
合同变更：如果各方在合同签订后，经过协商一致，同意变更共有方式为按份共有，并签订了书面变更协议，那么在办理房产证时，可以按照变更后的协议进行登记。但需要注意的是，这种变更应当符合法律法规的规定，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
法律允许的特殊情形：在某些特殊情况下，法律可能允许对共有方式进行变更。例如，如果共同共有人之一因特殊原因需要退出共有关系，而其他共有人同意其退出并接受按份共有的方式，那么在符合法律规定的条件下，可能可以实现共有方式的变更。但这种情况较为少见，且需要满足严格的法律条件。
三、补救措施与建议
如果合同已经约定了共同共有，但各方在办理房产证时希望按份共有，且不存在上述特殊情况，那么可以考虑以下补救措施：
重新签订合同或补充协议：各方可以协商一致，重新签订一份关于共有方式的合同或补充协议，明确约定按份共有的方式及各自份额。然后，在办理房产证时，按照新的合同或协议进行登记。但需要注意的是，这种重新签订或补充协议的行为应当符合法律法规的规定，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
通过法律途径解决：如果各方无法就共有方式达成一致意见，且无法通过协商解决争议，那么可以考虑通过法律途径解决。例如，可以向人民法院提起诉讼，请求法院对共有方式进行裁决。但这种方式成本较高，且可能耗时较长，因此应谨慎选择。
建议：在签订房屋买卖或共有关系设立的合同时，各方应充分考虑共有方式的选择，并在合同中明确约定。如果后续需要变更共有方式，应尽早协商一致并签订书面变更协议，以避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。