公司申请破产时，对怀孕员工的处理需严格遵循《劳动合同法》《企业破产法》及相关劳动保护规定，核心结论如下：

1. 怀孕员工的劳动合同必须延续至三期（孕期、产期、哺乳期）结束
   根据《劳动合同法》第42条、45条，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得以“破产”为由解除劳动合同，劳动合同应延续至三期结束。即使公司进入破产程序，也需优先保障怀孕员工的劳动权益，不得提前终止合同。

2. 怀孕员工享有优先清偿权，工资及社保需优先支付
   根据《企业破产法》第113条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，需按顺序清偿：

   • 第一顺序：职工工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
     
   • 第二顺序：社保费用和税款；
     
   • 第三顺序：普通破产债权。
     怀孕员工的工资、社保及生育津贴等费用属于第一顺序清偿范围，管理人需优先支付。若破产财产不足清偿同一顺序债务，按比例分配，但怀孕员工的权益仍受优先保护。

3. 经济补偿金的计算需包含三期内的应得收入
   若公司破产导致劳动合同终止（三期结束后），经济补偿金按《劳动合同法》第47条计算：

   • 工作年限每满1年支付1个月工资；
     
   • 6个月以上不满1年的按1年计算；
     
   • 不满6个月的支付半个月工资。
     特殊规则：若怀孕员工月工资高于当地社平工资3倍，补偿标准按社平工资3倍计算，且年限最高不超过12年。此外，三期内的工资、生育津贴等实际损失可纳入破产债权申报，争取额外补偿。

4. 社保缴纳需持续至三期结束，保障生育津贴领取
   公司破产清算期间，管理人需继续为怀孕员工缴纳社保至三期结束，确保其能正常领取生育津贴。若管理人未履行义务，员工可向社保部门投诉，或通过破产程序主张权益。

操作建议：

• 公司应提前与管理人沟通，明确怀孕员工的权益保障方案；
  
• 怀孕员工需及时向管理人申报债权（包括工资、社保、生育津贴等），并提交劳动合同、工资记录、孕期证明等材料；
  
• 若管理人未依法处理，员工可向劳动监察部门投诉，或直接向法院申请强制执行。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细方案。