对于竣工验收的小区项目再次发生违法建设的情况，一般由城市管理综合行政执法部门（或当地政府指定的相关执法部门）负责处理。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。然而，在实际执法过程中，为了更高效地处理违法建设问题，很多地方已经将城乡规划领域的执法权集中到了城市管理综合行政执法部门（或称为城管执法部门）。
二、执法部门职责
城市管理综合行政执法部门：在大多数城市中，城市管理综合行政执法部门是负责查处违法建设的主要部门。他们有权对未取得规划许可或违反规划许可进行建设的行为进行查处，包括责令停止建设、限期改正、罚款、拆除等。
其他相关部门：虽然城市管理综合行政执法部门是主要执法部门，但在某些特定情况下，其他相关部门也可能参与违法建设的处理。例如，如果违法建设涉及消防安全、环境保护等方面的问题，消防部门或环保部门可能会根据相关法律法规进行查处。不过，在竣工验收后的小区项目中再次发生的违法建设，通常主要涉及的是规划许可问题，因此主要由城市管理综合行政执法部门负责。
三、处理流程
发现违法建设：违法建设可能由业主、物业、邻居或相关部门在巡查中发现。一旦发现违法建设，应及时向城市管理综合行政执法部门举报。
调查取证：城市管理综合行政执法部门在接到举报后，会进行调查取证，确认违法建设的性质、规模、影响等。
作出处理决定：根据调查结果，城市管理综合行政执法部门会依法作出处理决定，包括责令停止建设、限期改正、罚款、拆除等。
执行处理决定：如果违法建设者不履行处理决定，城市管理综合行政执法部门可以依法采取强制执行措施，如强制拆除等。
四、特殊情况处理
如果违法建设涉及多个部门或存在复杂情况，城市管理综合行政执法部门可能会与其他相关部门进行协调，共同处理。例如，如果违法建设同时涉及消防安全、环境保护等多个方面的问题，那么消防部门、环保部门等也可能会参与进来，共同制定处理方案。
建议：如果您发现竣工验收的小区项目再次发生违法建设，可以向当地的城市管理综合行政执法部门举报，并提供相关证据和信息。同时，您也可以关注该违法建设的处理进展，确保问题得到妥善解决。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。