申请撤销市场主体登记的回复，法律并未强制要求必须采用书面形式，但实践中建议尽量采用书面答复以确保程序合法性与证据留存。具体分析如下：

1. 法律未明确规定必须书面答复
   根据《市场主体登记管理条例》及其实施细则，行政机关在处理撤销登记申请时，核心要求是“依法作出决定并告知申请人”，但未明确限定答复形式。实践中，部分地区可能通过内部规范要求书面答复，但这属于地方性操作标准，非全国统一强制要求。

2. 书面答复的实务优势

   • 程序合法性：书面答复能清晰记录答复内容、时间、依据，避免因口头答复引发争议（如申请人否认收到答复或对内容有异议）。
     
   • 证据留存：若申请人后续提起行政复议或诉讼，书面答复可作为行政机关履职的直接证据，降低败诉风险。
     
   • 明确性：书面文件可详细列明撤销或不撤销的理由、法律依据及救济途径，减少信息传递误差。

3. 例外情形与风险提示

   • 紧急情况：若申请人面临紧急权益受损（如登记信息被冒用导致债务纠纷），行政机关可能通过电话、短信等口头方式先行告知，但后续仍需补发书面文件。
     
   • 申请人要求：若申请人明确要求书面答复，行政机关原则上应满足其需求，否则可能因程序瑕疵被质疑。
     
   • 地方性规定：部分省份（如广东、浙江）在地方性法规中明确要求撤销登记答复必须书面，需结合当地规定执行。

建议：若您作为申请人，可主动要求行政机关出具书面答复以保障权益；若您代表行政机关，建议优先采用书面形式，并留存送达凭证（如邮寄回执、签字确认单）。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。