当用人单位以违反公司制度为由辞退员工时，是否需要赔偿以及赔偿的具体方式，主要取决于公司规章制度的合法性、员工违规行为的严重性、开除程序的合法性，以及相关法律法规的具体规定。以下是对此问题的详细解答：
一、无需赔偿的情形
规章制度合法有效：
- 内容合法：公司的规章制度必须严格遵守国家法律法规，不得侵犯员工的合法权益。例如，规章制度中不能包含轻微违纪即予开除等违法条款。
- 民主程序制定：规章制度的制定应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，确保程序的民主性。
- 公示与告知：规章制度需通过有效方式向员工公示或告知，如发放员工手册并要求签字确认、在公司公告栏张贴等，确保员工对规章制度有充分的了解。
员工严重违反规章制度：
- 员工的行为必须达到规章制度中明确规定的严重违纪程度，且该行为有确凿证据支持。例如，员工存在严重失职、营私舞弊、给公司造成重大损害等行为。
开除程序合法：
- 用人单位在解除劳动合同时，应遵循法定程序，包括事先通知工会（如有）、书面通知员工并说明理由等，确保程序的合法性。
二、需要赔偿的情形
规章制度不合法或未公示：
- 若规章制度本身存在违法内容，或未按规定进行公示和告知，导致员工对规章制度不了解，用人单位以此为由开除员工将构成违法解除劳动合同，需要承担赔偿责任。
员工违规行为未达到解除程度：
- 员工的违规行为并未达到规章制度中规定的可以解除劳动合同的程度，但用人单位却以此为由开除员工，同样构成违法解除劳动合同，需要赔偿。
开除程序违法：
- 用人单位在解除劳动合同时未遵循法定程序，如未事先通知工会、未书面通知员工或未说明理由等，也构成违法解除劳动合同，需要赔偿。
三、赔偿金的计算
若用人单位违法解除劳动合同，根据《劳动合同法》第八十七条的规定，应按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。具体计算方式如下：
- 经济补偿标准：按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资定义：指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，但需注意月工资上限及赔偿年限的限制。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
- 赔偿金计算：赔偿金为经济补偿标准的二倍，即如果劳动者应获得N个月的经济补偿金，那么违法辞退时，用人单位需要支付2N个月的赔偿金。
四、实际操作建议
对于用人单位而言，应确保规章制度的合法性、合规性及有效性，并严格按照法定程序处理员工违纪问题。对于员工而言，在面临被开除的风险时，应首先审查用人单位的规章制度及自身行为是否符合规定，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。
综上所述，用人单位以违反制度为由辞退员工是否需要赔偿是一个复杂的问题，需根据具体情况进行综合判断。在处理此类问题时，应严格遵循法律法规的规定，确保双方的权益得到妥善保护。