结论前置：集体土地征收中，仅签订补偿协议且没有县级政府部门征收章的征收补偿协议，其合法性需根据具体情况判断，不一定不合法，但可能存在效力瑕疵或风险。以下从不同角度进行分析：
一、从协议签订主体与权限角度分析
协议签订主体合法性：
- 根据《土地管理法》及相关规定，集体土地征收通常涉及县级以上人民政府作为征收主体。然而，在实际操作中，征收工作可能由县级人民政府委托的乡镇人民政府、街道办事处或专门的征收实施单位具体执行。
- 如果补偿协议是由县级人民政府委托的合法主体签订，且该主体在委托范围内行使职权，那么即使协议上没有县级政府部门的直接盖章，也不影响协议的合法性。但这种情况下，通常应有县级人民政府的授权文件或相关证明，以证明签订主体的合法性。
协议签订权限问题：
- 如果签订补偿协议的主体没有县级人民政府的明确授权，或者超越了授权范围，那么该协议可能因签订主体权限不足而无效。
- 此外，如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，如补偿标准低于法定标准，那么该协议也可能因内容违法而无效。
二、从协议形式要件角度分析
盖章的必要性：
- 盖章是协议形式要件的一部分，它通常用于证明协议的真实性和合法性。然而，并非所有协议都必须盖章才有效，特别是当协议双方对协议内容无异议且已实际履行时。
- 在集体土地征收中，如果补偿协议已经由双方签字（或盖章）确认，且协议内容合法、双方意思表示真实，那么即使没有县级政府部门的直接盖章，也不一定影响协议的效力。但这种情况下，可能存在因形式要件不完备而引发的争议或风险。
协议备案与公示：
- 根据相关规定，集体土地征收补偿协议可能需要向相关部门备案或公示。如果协议未按规定进行备案或公示，可能影响其合法性和执行力。
- 备案和公示的目的在于确保协议的公开透明和合法性，保护被征收人的合法权益。因此，即使协议本身合法有效，如果未按规定进行备案或公示，也可能引发后续的法律纠纷。
三、从实际履行与救济角度分析
协议实际履行情况：
- 如果补偿协议已经实际履行，如被征收人已经按照协议约定领取了补偿款或搬离了被征收土地，那么这通常被视为对协议效力的认可。
- 在这种情况下，即使协议形式上存在瑕疵（如没有县级政府部门的盖章），也可能因实际履行而得到补正或确认。
救济途径：
- 如果被征收人对补偿协议的合法性或效力有异议，可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。
- 在行政复议或行政诉讼中，法院或复议机关将审查协议的合法性、签订主体的权限、协议内容是否违反法律法规等，并据此作出裁决。
四、建议与风险提示
建议：
- 在签订集体土地征收补偿协议时，应确保签订主体具有合法权限，并要求提供县级人民政府的授权文件或相关证明。
- 协议内容应明确、具体，符合法律法规的规定，并尽可能完善形式要件（如盖章、签字等）。
- 如果对协议的合法性或效力有疑问，应及时咨询专业律师或相关部门，以避免潜在的法律风险。
风险提示：
- 没有县级政府部门盖章的补偿协议可能存在效力瑕疵或风险，特别是在涉及争议或纠纷时。
- 被征收人应谨慎对待此类协议，并在签订前充分了解其法律后果和风险。
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