关于您提出的“农村征地补偿协议只有1份是否合法”的问题，我们可以从合法性和实际操作及权益保障两个角度来详细分析。

从合法性角度来看：

征地补偿协议的合法性并不直接取决于其签订的份数。法律并未明确规定征地补偿协议必须签订的具体份数。一个协议是否合法，主要取决于以下几个关键因素：双方当事人是否具有相应的民事行为能力、意思表示是否真实、协议内容是否违反法律或行政法规的强制性规定，以及是否违背公序良俗。只要这些条件都满足，即使只签订一份协议，该协议也是合法有效的。

从实际操作和权益保障角度来看：

尽管只签订一份征地补偿协议在法律上可能并无不妥，但这确实存在一些风险和不利于权益保障的问题。征地补偿协议涉及被征收人的重大利益，如土地补偿、安置补助等。如果仅签订一份且由征收方持有，被征收人在后续履行过程中可能会面临举证困难。若征收方不按约定履行义务，被征收人因缺乏协议原件而难以证明双方约定的具体内容，进而影响其维护自身合法权益。

为了确保双方权益，推荐的做法是签订一式两份或多份征地补偿协议，并各自妥善保管。这样做的好处在于，双方都能清晰了解协议内容，并在出现纠纷时有据可查。同时，多份协议的存在也增加了协议的安全性和可靠性，降低了因单份协议丢失或损坏而导致的风险。

应对措施与建议：

如果您遇到的征地补偿协议只签订了一份，我建议您积极要求征收方提供一份协议原件给自己。这是保障您合法权益的重要步骤。如果征收方拒绝提供，您可以通过合法途径解决，如向相关监管部门反映或咨询专业的法律顾问、律师以获取更准确的法律意见和帮助。

综上所述，虽然征地补偿协议只签订一份并不一定违法，但为了确保交易的顺利进行和双方权益的有效保障，还是推荐签订多份并分别保管。同时，作为被征收人，您应积极争取自己的权益，确保手中留有协议原件以便日后维权。