劳动关系解除后，原停薪留职协议自动终止，双方权利义务需根据解除原因重新确定。具体分析如下：

1. 劳动关系解除的合法性审查
   根据《劳动合同法》第36-46条，劳动关系解除需符合法定情形（如协商一致、过错解除、经济性裁员等）。若用人单位单方违法解除，劳动者可主张继续履行合同或要求赔偿金（2N倍经济补偿）；若劳动者主动辞职，则需提前30日通知（试用期3日），但无需支付违约金（除专项培训服务期或竞业限制情形外）。

2. 停薪留职协议的效力问题
   停薪留职本质是双方对劳动关系中止的约定，通常适用于企业改制或特殊历史时期。根据《劳动部关于企业职工要求”停薪留职”问题的通知》，停薪留职期限一般不超过2年。若劳动关系已合法解除：

• 协议自然终止：劳动关系解除后，停薪留职协议失去存在基础，双方无需继续履行；
  
• 工资福利处理：停薪留职期间未发放的工资无需补发，但用人单位需结清解除前的工资、加班费等；
  
• 社保缴纳：若解除前存在欠缴，用人单位需补缴至解除日；解除后社保关系转移，劳动者可自行缴纳或通过新单位续缴。

1. 经济补偿与赔偿的特殊情形
   

• 协商解除：双方可就经济补偿金额协商，但不得低于法定标准（N倍月工资）；
  
• 用人单位过错解除：如未提供劳动条件、拖欠工资等，劳动者可主张N倍经济补偿+50%额外赔偿；
  
• 劳动者过错解除：如严重违纪、被追究刑事责任等，用人单位无需支付补偿，但需举证证明过错事实。

1. 后续权利主张路径
   若对解除合法性或补偿金额有争议，劳动者可：
   

• 申请劳动仲裁：自知道权益受损之日起1年内提出，需提交劳动合同、解除通知、工资记录等证据；
  
• 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉，注意区分一审、二审程序时效；
  
• 协商调解：通过工会、劳动监察部门或第三方机构促成和解，降低维权成本。

建议行动：

1. 核查解除通知中的理由及依据，判断是否符合《劳动合同法》规定；
   
2. 整理停薪留职协议、工资条、社保记录等证据，评估补偿诉求合理性；
   
3. 根据争议复杂程度，选择协商、仲裁或诉讼方式解决，必要时委托律师介入。
   

如有具体案件细节（如解除原因、协议条款等），可进一步提供信息以便精准分析。