这种做法是不符合法律规定的，存在税务和合同履行方面的风险，不建议这样操作。以下从不同角度为你详细分析：

1. 税务合规角度 根据我国税收法律法规，发票的开具应当与实际交易情况相符。你方公司开具了6万元的发票，但实际交易金额只有5万元，这属于虚开发票的行为。虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。这种行为可能会面临税务机关的处罚，根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

2. 合同履行角度 合同是双方当事人意思表示一致的协议，合同中约定的交易金额为6万元，但实际只发生了5万元的交易。从合同履行的角度来看，你方公司没有完全按照合同约定履行义务，可能构成违约。对方公司有权要求你方公司按照合同约定继续履行剩余1万元的交易义务，或者要求你方公司承担违约责任，如赔偿损失等。如果对方公司以此为由向法院提起诉讼，你方公司可能会面临不利的法律后果。

为了避免上述风险，建议你方公司及时与对方公司沟通，说明实际情况，协商对合同金额和发票进行相应的调整。如果已经开具了错误的发票，应当及时作废或红冲，并重新开具与实际交易金额相符的发票。如果在实际操作过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。