当合同纠纷中被告违约且合同未约定违约金时，赔偿金额的核算主要遵循法律规定及司法实践中的通行做法。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与违约责任
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，特别是第五百八十四条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，这包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。这意味着，即便合同中没有明确约定违约金，违约方也需对其违约行为给对方造成的损失承担赔偿责任。
二、赔偿金额的核算原则
以实际损失为基础：
- 赔偿金额通常以守约方所遭受的实际损失作为计算基础。这包括直接损失，如货物损坏、资金占用利息等，以及间接损失，如预期利润、商业机会丧失等。
考虑可预见性原则：
- 赔偿金额不得超过违约方在订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。这是为了确保赔偿金额的公平合理，避免过高或过低的赔偿。
综合多种因素确定：
- 在确定赔偿金额时，法院或仲裁机构会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益、市场行情等多种因素。例如，如果违约方存在故意或重大过失，可能会适当提高赔偿金额；如果守约方也有一定过错，则可能会相应降低赔偿金额。
三、特殊情形下的处理
逾期付款违约金：
- 对于金钱给付义务的迟延履行，若合同未约定逾期付款违约金，债权人可以要求债务人支付逾期利息。逾期利息的计算通常参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准，或全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）进行计算。
特定类型合同的处理：
- 在某些特定类型的合同中，如商品房买卖合同，如果出卖人逾期交房或买受人逾期付款，且合同未约定违约金数额或损失赔偿额计算方法，可以按照已付购房款总额的一定比例（如每日万分之三至万分之五）来计算违约金。但具体比例需根据案件具体情况和当地司法实践来确定。
四、实际操作建议
收集证据：
- 守约方应尽可能收集与违约行为相关的证据，包括合同文本、履行记录、损失证明等，以便在主张赔偿时提供有力支持。
协商解决：
- 在发现违约行为后，双方可以尝试通过协商方式解决争议，就赔偿金额和支付方式达成一致意见。
寻求法律救济：
- 如果协商无果，守约方可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求违约方承担违约责任并支付赔偿金额。在此过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
综上所述，当合同纠纷中被告违约且合同未约定违约金时，赔偿金额的核算需遵循法律规定和司法实践中的通行做法，以实际损失为基础，考虑可预见性原则，并综合多种因素确定。在特殊情形下，还需参考特定类型合同的处理方式。为确保权益得到有效保护，建议守约方在主张赔偿时咨询专业律师的意见。