与政府部门签订合同但未取得发票时，可撰写书面说明，重点阐述未取得发票的原因、合同履行情况及后续处理措施，确保内容真实、合法、合规。具体说明如下：
说明未取得发票的原因
- 客观原因：如政府部门因内部审批流程、财政资金拨付延迟等导致发票未能及时开具，需详细说明具体环节及时间节点。
- 特殊情形：若合同约定按进度付款但未达付款条件，或政府部门采用非发票形式结算（如财政直接支付凭证），需明确引用合同条款或政策依据。
- 例外情况：若因政府部门违规未开具发票（如未纳入预算、逃避税务监管），需谨慎说明并保留证据，避免自身承担法律风险。
确认合同履行情况
- 服务/货物交付证明：附上合同约定的交付清单、验收单、签字文件等，证明己方已按约履行义务。
- 付款记录：若已部分付款，提供银行转账记录、收据等，佐证交易真实性；若未付款，需说明付款条件未成就的原因。
目的：通过履约证据链，降低未取得发票对合同效力的影响，避免被认定为“虚假交易”。
提出后续处理措施
- 补开发票承诺：要求政府部门书面承诺补开发票的时间及方式，并明确逾期未补开的违约责任（如赔偿税款损失、支付违约金）。
- 税务合规方案：若无法补开发票，需与税务机关沟通，按“无法取得发票”情形处理（如凭合同、付款记录等税前扣除），并留存沟通记录。
- 争议解决条款：在说明中约定争议解决方式（如仲裁、诉讼），为后续维权预留路径。
法律风险提示
- 企业端风险：未取得发票可能导致企业所得税无法税前扣除、增值税无法抵扣，需评估税务成本并提前规划。
- 政府部门端风险：若政府部门违规未开发票，可能涉及行政责任（如罚款、处分），企业可向其上级机关或纪检监察部门反映。
建议：在说明中明确双方责任，避免单方面承担不利后果。
示例说明框架：
关于XX合同未取得发票的说明
致XX部门：
我司与贵部门于XX年XX月签订《XX合同》（合同编号：XX），约定由我司提供XX服务/货物，合同总价XX元。截至目前，我司已按约完成全部义务（附验收单、交付清单等），但因贵部门内部审批流程延迟（或其他原因），尚未取得发票。
为保障双方权益，现说明如下：
- 贵部门承诺于XX年XX月XX日前补开发票，否则承担我司税款损失及违约金XX元；
- 若逾期未补开，我司将按税务机关要求凭合同、付款记录等税前扣除，并保留追究贵部门违约责任的权利；
- 本说明与原合同具有同等效力，如有争议，双方同意提交XX仲裁委员会仲裁。
附件：合同、验收单、付款记录等。
XX公司（盖章）
XX年XX月XX日
注意事项：
- 说明需加盖公章，由法定代表人或授权代表签字，确保形式合法；
- 避免使用“发票丢失”“故意不开”等主观表述，保持客观中立；
- 若涉及大额交易，建议同步咨询税务机关，确保处理方案合规。
如有进一步疑问，可直接向我咨询。