关于施工考核单中的罚款是否合法，这主要取决于几个关键因素，包括合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。下面我将从法律角度为您详细分析这个问题。
首先，从行政处罚的角度来看，罚款在行政法领域是一种行政处罚措施。根据《行政处罚法》的规定，这种处罚应当由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。建设单位，作为非行政机关，并不具备实施行政处罚的主体资格。因此，如果建设单位试图基于行政管理权对施工单位进行罚款，这种行为在法律上是不被允许的。
然而，从合同法的角度来看，情况就有所不同了。在建设工程合同中，双方可以约定违约条款，这些条款用于规范施工单位的行为，并明确在违约情况下应承担的责任。如果合同中包含了合法有效的违约条款，并且这些条款是基于施工单位违反合同约定的行为而设定的，同时这些约定合理且不违反法律法规的强制性规定，那么建设单位就有权要求施工单位按照合同约定承担违约责任。这种违约责任可能包括支付违约金或赔偿损失等，但这并不等同于行政法意义上的“罚款”。
需要注意的是，并非所有合同中的“罚款”条款都是合法有效的。如果合同中的“罚款”条款存在以下问题，那么这些条款可能被认定为无效：
在实际操作中，为了确保合同条款的合法性和有效性，建设单位和施工单位应在合同签订前明确约定违约条款，并确保这些条款内容合法、合理，且符合相关法律法规的要求。在合同履行过程中，如果发生违约行为，建设单位应依据合同中的违约条款来追究施工单位的责任，而不是随意进行罚款。
最后，如果因违约条款产生争议，双方应首先通过协商解决。如果协商不成，可以依法申请仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，施工考核单中的罚款是否合法，主要取决于合同中的约定以及相关法律法规的规定。建设单位应严格遵守法律规定，确保合同条款的合法性和有效性，以维护双方的合法权益。