违法建筑认定书通常可以由综合行政执法局出具，但具体认定主体可能因地区和具体执法权限的分配而有所不同。以下是对此问题的详细分析：

一、违法建筑认定的主体

1. 城乡规划主管部门：在多数情况下，城乡规划主管部门是违法建筑认定的主要部门。它们负责城乡规划的实施和监督，对违反城乡规划的建设行为进行查处和认定。

2. 综合行政执法局：随着行政执法体制的改革，一些地区将城乡规划执法等职能整合到了综合行政执法局中。因此，在这些地区，综合行政执法局也具备出具违法建筑认定书的权限。它们依据法定职权和程序，对违法建筑进行查处和认定。

二、违法建筑认定的依据和程序

1. 认定依据：违法建筑的认定主要依据《中华人民共和国城乡规划法》等法律法规，以及地方性的城乡规划条例等规范性文件。这些法规明确规定了建设工程的规划许可制度，以及违反该制度的法律责任。

2. 认定程序：

   • 现场勘查：执法人员会现场记录建筑的位置、面积、结构等信息，并制作现场勘查笔录。
   • 调查取证：收集建设图纸、施工合同、规划许可文件等相关证据材料，以确保证据充分且能证明违法事实。
   • 法律分析：根据收集到的证据和法律法规，对建筑的合法性进行综合分析判断。
   • 认定决定：若确认建筑存在违法行为，将依法作出违法建筑的认定决定，并告知当事人相关权利。

三、综合行政执法局出具违法建筑认定书的合法性

在综合行政执法局具备城乡规划执法职能的地区，其出具违法建筑认定书是合法的。这是因为综合行政执法局在整合相关职能后，继承了原城乡规划主管部门的部分或全部职权，包括违法建筑的查处和认定。因此，在这些地区，当事人收到综合行政执法局出具的违法建筑认定书时，应认真对待并积极配合后续的处理工作。

四、建议与注意事项

1. 核实认定主体：如果您收到了违法建筑认定书，首先应核实出具该认定书的部门是否具备相应的执法权限。这可以通过查询当地政府的官方网站或咨询相关部门来确认。

2. 了解认定依据和程序：了解违法建筑认定的依据和程序有助于您更好地理解认定书的合法性和有效性。如果您对认定书的内容有异议，可以在法定期限内提出陈述、申辩或要求举行听证会等权利。

3. 积极配合处理工作：如果认定书确认您的建筑存在违法行为，建议您积极配合相关部门的处理工作，如拆除违法建筑、缴纳罚款等。这有助于减少不必要的法律纠纷和损失。

如果您在房产问题或司法行政方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。