结论：甲方给乙方开“罚款单”管理不到位是否合法，需分情况讨论，关键在于甲方是否具备法定处罚权以及罚款依据是否合法合理。具体分析如下：

1. 若甲方为行政机关或法律法规授权组织
   根据《行政处罚法》第十七条，只有行政机关或法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，才能实施行政处罚（如罚款）。若甲方属于此类主体，且乙方存在违反行政管理秩序的行为（如环保、安全、市场监管等领域的违法行为），甲方可依法开具罚款单。但需满足以下条件：

   • 罚款依据明确（如具体法律条款）；
     
   • 罚款程序合法（如告知权利、听取陈述申辩、制作处罚决定书等）；
     
   • 罚款金额在法定幅度内。
     若甲方未满足上述条件，罚款行为可能因“超越职权”或“程序违法”被撤销或确认无效。

2. 若甲方为普通企业或民事主体（如合同相对方）
   普通企业或民事主体（如甲方与乙方为合同关系）无权单方面对乙方开具“罚款单”，原因如下：

   • 缺乏法律依据：罚款属于行政处罚，民事主体无行政处罚权；
     
   • 可能构成违约责任：若甲方认为乙方违约，应通过合同约定的违约条款（如支付违约金、赔偿损失）主张权利，而非直接“罚款”；
     
   • 若罚款条款被写入合同：根据《民法典》第四百九十七条，若合同中的“罚款条款”属于“加重对方责任、排除对方主要权利”的格式条款，可能被认定无效。
     例外情形：若乙方明确同意接受甲方罚款（如书面承诺），且罚款金额合理（不显失公平），可能被认定为双方自愿达成的民事约定，但此类约定仍存在被法院调整的风险。

3. 若甲方为行业协会或自律组织
   行业协会可依据章程对会员实施纪律处分（如警告、通报批评、取消会员资格等），但无权直接罚款。若章程规定“罚款”措施，可能因超出自律管理权限被认定无效。

建议：

• 若您是乙方，可要求甲方出具罚款的法律依据或合同条款，若无法提供，可拒绝支付并投诉或起诉；
  
• 若您是甲方，需明确自身身份及处罚权限，避免因越权处罚引发纠纷。
  

如有具体场景或合同条款，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。