针对您提出的“政府采购超过二年行政处罚时效的如何处理”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确行政处罚时效的概念。行政处罚时效是指对违法行为人的违反行政管理秩序的行为，自该行为发生之日起超过一定期限没有被行政机关发现，就不再给予行政处罚的法律制度。这一制度旨在督促行政机关及时行使权力，保护当事人的合法权益，并确保法律的公正性和权威性。

在政府采购领域，若某一违法行为在二年内未被行政机关发现，根据行政处罚时效的规定，行政机关应依法不再给予行政处罚。这里的“二年”是行政处罚时效的一般期限，但需注意，对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，该期限会延长至五年。不过，在政府采购的常规情境下，我们主要关注的是二年这一时效期限。

接下来，我们详细分析超过行政处罚时效后的处理方式：

1. 确认超时效情况： 行政机关在立案前的初步调查阶段，应仔细核实违法行为的发生时间以及行政机关发现该违法行为的时间。这是确保处理方式合法性的关键步骤，必须确保确实已经超过了法定的行政处罚时效。

2. 作出不予处罚决定： 一旦确认超过时效，行政机关应依法作出不予立案或撤销案件的决定。这是法律对行政机关的明确约束，也是对当事人权益的重要保护。行政机关不得因任何原因对已超过时效的违法行为进行处罚。

3. 告知当事人： 行政机关应以书面形式明确告知当事人相关情况，包括因超过时效而不再进行处罚的决定。这一步骤旨在维护当事人的知情权，确保当事人了解行政机关的处理决定及其依据。

4. 存档备查： 对于已经超过时效的违法行为，行政机关应将相关材料整理存档。这不仅有助于日后可能的查询或审计，还能确保整个处理过程的合法性和规范性。

此外，还需特别注意的是，虽然超过行政处罚时效的违法行为不再受到行政处罚，但若该行为同时涉及民事赔偿责任或刑事犯罪，则不影响当事人依法承担相应的民事责任或刑事责任。例如，在政府采购过程中，若某供应商存在欺诈行为且该行为已超过行政处罚时效，但受害方仍可通过民事诉讼要求其承担损害赔偿责任；若该行为构成犯罪，司法机关仍可依法追究其刑事责任。

综上所述，政府采购中超过二年行政处罚时效的违法行为，行政机关应依法不再给予行政处罚，并需履行相应的告知和存档程序。同时，当事人也应了解自身权益和责任，以便在必要时采取适当的法律措施。