结论：纪检查办的案子移交检察机关后，部分线索相关证人未予承认的情况，需结合具体证据和法律规定来处理，一般可通过补充调查、审查证据合法性及关联性、考虑证人证言的证明力等方式应对。

分析说明：

1. 补充调查与证据收集：

   • 当部分线索的证人未予承认时，检察机关或侦查机关可能会进一步开展调查工作，以收集更多证据来支持或反驳相关线索。这可能包括对其他证人的询问、对物证的进一步勘验、对书证的审查等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，侦查机关在侦查过程中，有权采取各种侦查措施收集证据，包括询问证人、勘验、检查、搜查等。

2. 审查证据的合法性与关联性：

   • 检察机关在审查案件时，会对所有收集到的证据进行合法性审查，确保证据的收集程序符合法律规定，没有侵犯当事人的合法权益。
   • 同时，检察机关也会审查证据的关联性，即证据是否与案件事实有直接联系，能否证明案件事实。对于与案件事实无关或证明力较弱的证据，检察机关可能会不予采纳。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条：“可以用于证明案件事实的材料，都是证据。证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。”以及第五十四条：“人民法院、人民检察院和公安机关有权向有关单位和个人收集、调取证据。有关单位和个人应当如实提供证据。……行政机关在行政执法和查办案件过程中收集的物证、书证、视听资料、电子数据、检验报告、鉴定意见、勘验笔录、检查笔录等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。”

3. 考虑证人证言的证明力：

   • 证人证言的证明力并非绝对，其受到多种因素的影响，如证人的感知能力、记忆能力、表达能力、与案件当事人的关系等。因此，即使部分证人未予承认相关线索，也不意味着这些线索就完全不可信。
   • 检察机关在审查案件时，会综合考虑所有证据，包括证人证言、物证、书证等，以形成对案件事实的全面认识。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定及司法实践，证人证言只是证据的一种，其证明力需结合其他证据进行综合判断。

4. 可能的法律后果：

   • 如果检察机关认为案件事实清楚、证据确实充分，即使部分证人未予承认相关线索，也可能依法提起公诉。
   • 如果检察机关认为证据不足或存在疑问，可能会要求侦查机关补充侦查或作出不起诉决定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”以及第一百七十七条：“犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。”

行动建议：

• 如果您是案件当事人或相关利益方，建议积极配合检察机关或侦查机关的调查工作，如实提供证据和线索。
• 如果您对案件处理有疑问或不满，可以依法向相关部门提出申诉或控告。
• 在整个过程中，保持与律师的沟通，以便及时了解案件进展和自身权益的保障情况。

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