针对您提出的“申请回避后超过审限怎么处理”的问题，这主要涉及到案件审理期限的管理与变更流程。以下是我根据相关法律法规及司法实践，为您提供的详细解答：
一、审限的基本规定
首先，我们需要明确案件审理期限（审限）的基本规定。审限是从立案之日起计算，至案件审结或终结之日止的时间段。根据法律法规和司法解释，不同类型案件有不同的审限要求。在法定审限届满前，若存在法律、司法解释规定的审限延长或法定扣除的情形，则不计入审限。
二、申请回避与审限的关系
申请回避是当事人或其法定代理人、辩护人、诉讼代理人等，在诉讼过程中认为审判人员、检察人员、侦查人员等存在法定回避情形时，依法向法院提出的请求其回避的申请。申请回避本身并不直接导致审限的延长或变更，但若因申请回避导致案件审理工作暂时中断，且该中断符合法律规定的扣除审限情形，则可能依法扣除相应审限。
三、超过审限的处理方式
审限变更审批：
- 若因申请回避等法定事由导致案件审理需要延长审限，承办人应在审限变更情形发生后三日内通过网上办案系统申请审限变更，并同步、如实录入证明材料，依法报请院庭长审批。
- 审限变更应当办理审批手续，首次申请变更的报请庭长审批。同一事由再次申请变更的，应当提高审批层级。
扣除审限：
- 若申请回避导致案件审理中断，且该中断符合法律规定的扣除审限情形（如需要等待回避决定、重新组成合议庭等），承办法官应制作书面扣除审限审批表，由庭室负责人和分管副院长分级审批后，方可扣除审限。
- 扣除审限严禁一扣到底，扣除审限的情形消除后，必须在审判管理系统内及时结束扣除审限，恢复审理。
监督管理与责任追究：
- 院庭长应加强案件审限监督管理，关注案件审理进展情况，对报请的审限变更事由及相关证明材料严格审查，并在二日内作出决定。
- 若故意拖延办案或因重大过失延误办案且造成严重后果的，将依照相关规定移送相关部门处理。
特殊情况处理：
- 对于一年以上未结案件或久押不决案件，应纳入“四类案件”监督管理，承办人应定期主动向院庭长汇报案件进展情况，并拟定案件清理方案报请院庭长审定。
- 若审理时间已达到审限三分之二的案件，承办人应向庭长报告，承办人为庭长的应向分管院长报告。
四、实际操作建议
- 及时沟通：在申请回避后，当事人或其代理人应与法院保持沟通，了解案件审理进展情况，特别是审限变更和扣除情况。
- 关注审批流程：若法院决定延长审限或扣除审限，应关注审批流程是否合规，确保自身权益不受损害。
- 依法维权：若认为法院在处理审限问题上存在违法行为或不当行为，可依法向上级法院或相关部门反映情况，维护自身合法权益。
综上所述，申请回避后超过审限的处理方式主要涉及审限变更审批、扣除审限、监督管理与责任追究等方面。法院应严格按照法律法规和司法解释的规定执行审限管理，确保案件公正、高效审理。