针对您提出的“祖父的土地承包地被同村民侵占，农村农业局会如何处理”这一问题，核心前提是土地承包经营权受到侵害，且侵权方为同村村民，处理主体为农村农业局。以下分情况说明农村农业局可能的处理方式：

1. 初步调查与核实
   农村农业局作为农村土地承包经营管理的行政主管部门，首先会启动调查程序，核实以下关键事实：
   

• 土地承包合同及权属证明（如《农村土地承包经营权证》）是否合法有效，确认您祖父对争议土地的承包经营权；
  
• 侵占行为的具体表现（如强行耕种、搭建构筑物、改变土地用途等）及持续时间；
  
• 双方是否曾通过协商、村委会调解等方式解决争议，以及调解结果（如有）。
  调查方式包括查阅档案、现场勘验、询问当事人及证人等，必要时会委托第三方机构进行土地测绘或权属鉴定。

1. 行政调解与责令改正
   若调查确认侵占事实成立，且侵权行为未涉及刑事犯罪（如故意毁坏财物、寻衅滋事等），农村农业局会优先通过行政调解推动双方和解，要求侵占方停止侵害、返还土地，并可依据《农村土地承包法》第五十七条，责令其限期改正。
   关键点：调解需双方自愿，若侵占方拒绝配合，农业局将终止调解程序，转而通过行政处罚或引导诉讼解决。

2. 行政处罚（如符合条件）
   若侵占行为同时违反《土地管理法》或《农村土地承包法》的禁止性规定（如非法转让、倒卖土地承包经营权，或破坏土地耕作层等），农业局可依法对侵占方处以罚款、没收违法所得等处罚。
   注意：行政处罚需严格遵循法定程序，包括告知权利、听取陈述申辩、制作处罚决定书等，且处罚种类与幅度需与违法行为性质、情节及社会危害程度相适应。

3. 引导通过司法途径解决
   若行政调解未果，或侵占行为涉嫌刑事犯罪（如侵占数额较大且拒不返还，可能构成侵占罪），农业局会建议您祖父通过以下方式维权：

• 民事诉讼：以土地承包经营权受侵害为由，向法院提起“返还原物纠纷”或“排除妨害纠纷”之诉，要求侵占方返还土地、赔偿损失；
  
• 刑事控告：若侵占行为符合《刑法》第二百七十条侵占罪构成要件（将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大且拒不退还），可向公安机关报案，追究侵占方刑事责任。
  提示：司法途径需准备充分证据（如土地权属证明、侵占现场照片、证人证言等），建议提前咨询律师协助取证与诉讼。

行动建议：

1. 立即收集土地承包合同、权属证书、侵占现场照片/视频等证据；
   
2. 向当地农村农业局提交书面投诉材料，附证据清单，要求启动调查程序；
   
3. 若农业局处理进度缓慢或结果不满意，可同步向乡镇政府或县级人民政府申请行政复议，或直接向法院起诉；
   
4. 涉及复杂法律程序时，建议委托律师介入，以提高维权效率。
   

如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询，我会结合具体案情为您提供更详细的法律分析。