集体土地并非不由国土局（现自然资源部门）管理，而是集体土地的管理涉及多个部门，各部门根据其职责范围进行具体管理。以下是对这一问题的详细分析：
一、自然资源部门的管理职责
自然资源部门（原国土局）在集体土地管理中扮演着核心角色，其职责主要包括：
- 地籍管理：负责土地调查、登记和核发证书，确认土地的所有权和使用权归属。这是集体土地管理的基础工作，为后续的土地利用和规划提供了准确的数据支持。
- 规划和用途管制：制定土地利用总体规划，明确集体土地的具体用途，如农业生产区域和建设用地区域。同时，对集体土地转为建设用地进行严格控制，确保耕地的数量和质量。
- 耕地保护：划定基本农田保护区，对耕地进行特殊保护，防止耕地被非法占用或破坏。
二、农业农村部门的管理职责
农业农村部门在集体土地管理中也发挥着重要作用，其职责主要包括：
- 农村土地承包经营：指导农村土地（含耕地、水域、滩涂、草原等）的承包经营、合同管理、流转规范，并调处相关合同纠纷和权属纠纷。这有助于维护农民的土地权益，促进土地资源的合理利用。
- 宅基地管理：指导宅基地的分配、使用、流转，处理纠纷仲裁，以及宅基地的合理布局、用地标准和违法用地的查处。宅基地是农民的重要生活资料，农业农村部门的管理有助于保障农民的居住权益。
三、林业和草原部门的管理职责
对于集体林地、草地等资源，林业和草原部门也承担着重要的管理职责：
- 林地管理：对集体林地进行林权登记、森林资源保护和生态修复。这有助于保护森林资源，维护生态平衡。
- 草地管理：对草原的保护、建设和合理利用进行监督检查，并指导、监督草原的禁牧、休牧、轮牧和草畜平衡工作。这有助于保护草原资源，防止草原退化。
四、实际操作建议
当您面临与集体土地相关的问题或需要办理相关手续时，由于管理部门可能因地区或行政级别的不同而有所差异，建议您首先咨询当地的自然资源主管部门或相关部门，了解清楚具体的管理部门和其职责范围。同时，熟悉相关的法律法规和政策也是必不可少的，这有助于您在涉及土地问题时做出正确的决策。
如果您在集体土地管理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。