针对您提出的“父亲已过世且户口不在一起，如何做亲子鉴定”的问题，这实际上涉及到了两个主要方面：一是亲子鉴定的具体操作，二是在户口不在一起且父亲已过世的情况下如何证明亲子关系。不过，需要明确的是，亲子鉴定通常是通过生物技术手段来确定亲子间的生物学关系，而户口情况并不直接影响亲子鉴定的进行。但考虑到您的实际需求可能是想证明与已故父亲的亲子关系以办理某些手续（如房产过户等），我将结合这两方面来给出解答。
亲子鉴定的基本流程
选择鉴定机构：首先，您需要选择一家具有合法资质的亲子鉴定机构。这些机构通常具备专业的实验室和设备，能够提供准确可靠的鉴定结果。
提交样本：接下来，您需要按照鉴定机构的要求提交样本。对于亲子鉴定，通常需要提供被鉴定人（即您和您的父亲，尽管父亲已过世，但可以使用其生前遗留的生物样本，如牙齿、骨骼、毛发等，具体需咨询鉴定机构）的生物样本。
缴纳费用：根据鉴定机构的收费标准，您需要缴纳相应的鉴定费用。
等待结果：鉴定机构会在收到样本后进行实验分析，并在一定时间内出具鉴定报告。您需要耐心等待鉴定结果。
户口不在一起且父亲已过世时的亲子关系证明
然而，在您的情况下，由于父亲已经过世且户口不在一起，直接进行亲子鉴定可能面临一些实际困难（如获取父亲生前生物样本的难度）。此时，您可以考虑通过以下途径来证明亲子关系：
查阅户籍档案：您可以尝试联系父亲生前的户籍所在地派出所或档案管理部门，查阅其户籍档案，看是否能找到与您相关的记录，如出生登记、户口迁移记录等，这些都可以作为证明亲子关系的间接证据。
申请亲属关系证明：根据一些地区的政策，如重庆公安在“警快办”上开通的“户籍类证明”办理服务，您可以尝试申请开具亲属关系证明。虽然这通常要求曾经户口登记为同一家庭户，但某些情况下，即使户口不在一起，如果能够提供足够的证据（如出生证明、家族谱系等），也可能获得证明。不过，具体政策因地区而异，您需要咨询当地公安机关。
法律途径：如果上述方法均无法获得有效证明，您还可以考虑通过法律途径来证明亲子关系，如提起诉讼要求确认亲子关系等。但这通常需要耗费较多的时间和精力，且结果具有不确定性。
综合建议
优先尝试亲子鉴定：如果能够获取到父亲生前的生物样本，且鉴定机构认为样本可用，那么优先进行亲子鉴定是最直接、最准确的方法。
多渠道获取证明：如果亲子鉴定不可行或结果不理想，您可以尝试结合多种渠道来获取证明亲子关系的证据，如户籍档案、亲属关系证明、法律文书等。
咨询专业机构：在整个过程中，您可以咨询专业的法律服务机构或鉴定机构，以获取更具体、更专业的建议和指导。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。