法院在收到被告对借款合同申请鉴定后的处理方式，主要依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关法律规定，具体处理如下：

1. 审查鉴定申请的必要性：

   • 法院首先会审查被告提出的鉴定申请是否具有必要性。这通常涉及借款合同的真实性、完整性或是否存在篡改等关键问题。若鉴定事项对案件事实认定有重大影响，且现有证据无法充分证明，则法院倾向于同意鉴定。
   • 法条依据：《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十条：“人民法院在审理案件过程中认为待证事实需要通过鉴定意见证明的，应当向当事人释明，并指定提出鉴定申请的期间。符合《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十六条第一款规定情形的，人民法院应当依职权委托鉴定。”

2. 决定是否准许鉴定：

   • 若法院认为鉴定申请符合法律规定且有必要，将出具准许鉴定的裁定或决定，并指定鉴定机构或要求双方协商确定鉴定机构。
   • 若法院认为鉴定申请不必要或不符合法律规定，如鉴定事项与案件事实无关联、鉴定事项已由其他证据充分证明等，将出具不准许鉴定的裁定或决定，并说明理由。
   • 法条依据：《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十二条：“人民法院准许鉴定申请的，应当组织双方当事人协商确定具备相应资格的鉴定人。当事人协商不成的，由人民法院指定。人民法院依职权委托鉴定的，可以在询问当事人的意见后，指定具备相应资格的鉴定人。”

3. 组织鉴定并审查鉴定意见：

   • 鉴定机构出具鉴定意见后，法院将组织双方当事人对鉴定意见进行质证。鉴定意见作为证据的一种，其真实性、合法性、关联性将受到法院的严格审查。
   • 若鉴定意见被法院采纳，将成为认定案件事实的重要依据；若鉴定意见存在瑕疵或不被法院采纳，则可能不影响案件事实的认定。
   • 法条依据：《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十七条：“人民法院收到鉴定书后，应当及时将副本送交当事人。当事人对鉴定书的内容有异议的，应当在人民法院指定期间内以书面方式提出。对于当事人的异议，人民法院应当要求鉴定人作出解释、说明或者补充。人民法院认为有必要的，可以要求鉴定人对当事人未提出异议的内容进行解释、说明或者补充。”

总结来说，法院在处理被告对借款合同申请鉴定时，会严格依据法律规定，审查鉴定申请的必要性，决定是否准许鉴定，并组织鉴定及审查鉴定意见。这一过程中，法院将确保鉴定程序的合法性和鉴定意见的客观性，以维护案件的公正审理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。