针对您提出的“房租开票到分公司，总公司是否可以使用以及是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、合法性分析
合同相对性原则：
- 根据合同法，租赁合同的承租方是接收房租发票的合法主体。若分公司是租赁合同的签订方，那么房租发票理应开具给分公司。
特殊情况下的合法性：
- 在总公司、分公司和房东三方达成一致，并签订补充协议明确约定由总公司承担房租费用，且房东同意将发票开具给总公司的情况下，这种操作是合法的。但这属于合同权利义务的约定变更，必须确保三方均同意且不违反法律法规的强制性规定。
税法规定：
- 发票应按照实际交易内容如实开具，不得虚开或代开。因此，除非有特殊情况下的合法约定，否则分公司房租发票不应直接开给总公司。
二、总公司使用分公司房租发票的税务影响
企业所得税：
- 若房租发票开给总公司，总公司需证明该房租费用与其生产经营相关，才能在企业所得税前扣除。这可能需要额外的证明材料，增加了税务处理的复杂性。
- 若总公司承担分公司房租，需在总公司和分公司间合理分摊费用，并准确计算应纳税所得额，以避免税务风险。
增值税：
- 总公司若取得增值税专用发票且为一般纳税人，需确保租赁服务用于应税项目，才能进行进项税额抵扣。
- 税务机关强调货物流、资金流和发票流的一致性。分公司使用房屋而总公司取得发票的情况，需有充分证据证明业务真实性和合理性，否则可能面临税务检查风险。
三、建议操作方式
分公司直接索取发票：
- 分公司作为租赁合同的承租方，应直接向房东索取房租发票并据实入账。这符合合同法和税法的规定，减少了税务风险。
总公司与分公司内部结算：
- 若总公司承担房租费用，可通过内部转账或报销方式与分公司结算。这样既能确保分公司账务的清晰性，又能避免总公司使用分公司发票可能带来的税务风险。
完善合同与协议：
- 总公司、分公司和房东应签订详细的三方协议，明确各方权利义务，包括房租承担主体、发票开具对象、费用分摊方式等。这有助于在税务检查时提供充分的证明材料。
规范账务处理：
- 分公司和总公司应各自按照税法规定进行税务申报和账务处理。分公司应设立专门会计科目核算房租费用，总公司则根据支付或报销情况做相应会计记录。
与税务机关沟通：
- 对发票开具和税务处理有疑问时，及时与当地税务机关沟通，了解具体政策规定和操作要求。这有助于避免因不了解政策而产生的税务风险。
四、总结
分公司房租发票的开具和处理需严格遵守法律法规和税务规定。在大多数情况下，分公司应作为发票的接收方并据实入账。若总公司需承担房租费用，应通过内部转账或报销方式与分公司结算，并确保税务和会计处理的合规性与准确性。通过完善合同与协议、规范账务处理、加强与税务机关的沟通等措施，可以有效降低法律风险和税务风险。