结论：申诉阶段检察院将直接故意改为间接故意并未抗诉，这一行为本身并不直接违反法律规定，但其合法性及合理性需结合具体案情及法律规定进行综合判断。

分析如下：

1. 检察院的职权与职责：

   • 检察院在刑事诉讼中承担着审查起诉、出庭支持公诉以及法律监督等职责。在审查案件时，检察院有权对案件事实、证据及法律适用进行全面审查，并据此作出相应的决定。
   • 若检察院在审查过程中发现原起诉意见或判决中存在事实认定错误或法律适用不当，有权进行纠正，包括改变对犯罪故意的认定。

2. 直接故意与间接故意的区别：

   • 直接故意是指行为人明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望这种结果发生的心理态度。
   • 间接故意则是指行为人明知自己的行为可能发生危害社会的结果，并且放任这种结果发生的心理态度。
   • 两者在主观恶性、社会危害性等方面存在差异，因此，在量刑时可能会有所不同。

3. 检察院改变故意认定未抗诉的合法性：

   • 检察院在申诉阶段改变对犯罪故意的认定，是其行使审查起诉职权的一种体现。只要这种改变是基于对案件事实和证据的全面审查，并且符合法律规定，就是合法的。
   • 抗诉是检察院对法院判决、裁定认为确有错误时，依法向法院提出重新审理要求的诉讼活动。若检察院认为改变故意认定后，原判决、裁定在事实认定、法律适用或量刑等方面仍无错误，或者错误不严重到需要抗诉的程度，那么不抗诉也是合法的。

4. 可能存在的争议与合理性判断：

   • 尽管检察院改变故意认定未抗诉在法律上可能合法，但这一行为是否合理，还需结合具体案情进行判断。例如，若改变故意认定后，被告人的量刑明显偏轻或偏重，且这种改变对案件结果产生了实质性影响，那么不抗诉可能引发争议。
   • 此外，检察院在作出决定时，还应充分考虑被告人的权益保障、社会公众的期待以及司法公正等因素。

建议：

• 若您对检察院在申诉阶段改变故意认定未抗诉的行为存在疑问或不满，建议首先查阅相关案件材料，了解具体案情及检察院作出决定的具体理由。
• 若您认为检察院的决定存在错误或不当之处，可以依法向上一级检察院提出申诉或向法院提出再审申请。
• 在整个过程中，建议您咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。

如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，提供专业的法律意见。