当您发现土地承包经营权证上的面积少于实际面积时，可以按照以下步骤进行处理：

一、核实面积差异

1. 重新测量：首先，建议您聘请专业的测量机构或人员，对土地进行重新测量，以确保测量结果的准确性。这有助于确认土地承包经营权证上记载的面积与实际面积之间确实存在差异。
2. 对比数据：将重新测量的结果与土地承包经营权证上的面积进行对比，明确差异的具体数值。

二、查找原因

1. 历史原因：了解土地承包经营权证发放时的历史背景和政策环境，有时可能因历史遗留问题导致面积记录不准确。
2. 人为因素：考虑是否存在人为错误或疏忽，如测量时的误差、记录时的笔误等。
3. 政策变动：了解近年来是否有相关政策变动，如土地调整、重新划分等，这些可能导致土地面积的变化。

三、与相关部门沟通

1. 联系村委会或乡镇政府：将您发现的问题及重新测量的结果告知村委会或乡镇政府，并请求他们协助处理。
2. 提交申请材料：根据当地政策要求，准备相关申请材料，如重新测量的结果、土地承包经营权证原件及复印件、身份证明等。
3. 等待审核与处理：相关部门会对您的申请进行审核，并根据实际情况进行相应处理。这可能包括更正土地承包经营权证上的面积、重新发放证书或提供其他解决方案。

四、法律途径

如果经过与相关部门的沟通，问题仍未得到解决，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和诉讼途径。

五、注意事项

1. 保持冷静与理性：在处理此类问题时，请保持冷静与理性，避免采取过激行为。
2. 保留证据：确保妥善保管重新测量的结果、土地承包经营权证及相关申请材料，以备不时之需。
3. 关注政策动态：密切关注当地相关政策的变化，以便及时了解并适应新的政策环境。

综上所述，当您发现土地承包经营权证上的面积少于实际面积时，应首先核实面积差异，查找原因，并与相关部门进行沟通。如果问题仍未得到解决，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。