针对您提出的“土地经营权证发放后又发了一个土地承包合同，但合同面积变少了怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，土地经营权证和土地承包合同都是关于土地权益的重要法律文件。土地经营权证是确认您对特定土地享有经营权的法律凭证，而土地承包合同则是您与发包方（如村委会或集体经济组织）之间就土地承包事宜达成的书面协议。
当您发现土地承包合同中的面积与土地经营权证上的面积不一致，且合同面积变少时，您可以按照以下步骤处理：
核对信息：
- 仔细核对土地经营权证和土地承包合同上的各项信息，包括土地位置、面积、四至边界等，确保没有误解或遗漏。
与发包方沟通：
- 及时与发包方（如村委会或集体经济组织）取得联系，说明情况，并询问合同面积变少的原因。可能是发包方在制作合同时出现了误差，或者有其他特殊情况需要解释。
要求修正合同：
- 如果确认是发包方的错误或疏忽导致合同面积变少，您可以要求发包方按照土地经营权证上的面积修正土地承包合同。发包方有义务确保合同的准确性和合法性。
寻求法律援助：
- 如果发包方拒绝修正合同或无法给出合理解释，您可以考虑寻求法律援助。咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。律师可以帮助您分析情况，提供法律建议，并协助您与发包方进行协商或提起诉讼。
关注后续影响：
- 在处理此问题的过程中，您还需要关注可能对您的土地经营权益产生的后续影响。例如，如果合同面积变少导致您的经营权益受损，您可能需要考虑与发包方协商补偿方案或采取其他法律措施来维护自己的权益。
最后，我想强调的是，土地是农民的重要生产资料，土地权益的保障至关重要。在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。