当您发现土地确权证上的面积比实际面积少时，别着急，您可以按照以下步骤来处理这个问题：

第一步：仔细核对资料与记录

首先，您需要仔细核对土地的相关资料和记录。这包括原始的土地登记记录、测量图纸、测量方法及之前的土地确权资料。特别要注意测量时的坐标系统、测量工具的精度等基础信息，确保没有误解或错误。如果您在核对过程中发现任何差异或疑问，可以先尝试自行解决，或者记录下来以便后续咨询。

第二步：联系当地土地管理部门

如果自行核对后仍然无法解决问题，您应该尽快联系当地的土地管理部门，如村委会或乡镇政府的土地管理工作人员。向他们说明情况，并询问土地确权工作的具体流程和标准，了解是否存在特殊情况导致面积不符。同时，您也可以获取专业指导，了解下一步应该如何操作。

第三步：申请重新测量或核实

在确认需要后，您可以向负责土地确权的主管部门（通常是乡（镇）人民政府农村经营管理部门）提交书面申请，要求重新测量或核实土地面积。在申请中，您需要详细说明土地的基本情况、面积差异问题及申请重新测量的理由，并附上相关证据材料，如土地承包合同、土地使用证明、以往土地测量记录等。

提交申请后，相关部门会安排专业人员实地测量。在此过程中，您需要积极配合，提供必要的协助和信息，以确保测量结果的准确性。

第四步：申请变更确权面积

基于重新测量或核实的结果，如果确实存在面积差异，您应该向当地乡（镇）人民政府农村经营管理部门提出变更申请，并提交新的测量报告及相关证明材料。乡（镇）人民政府会组织专业人员实地查看，对土地实际面积进行复核，并与原有确权面积进行对比。

如果确认存在差异，政府会根据实际情况调整确权面积，并重新颁发土地确权证。这一步骤可能需要一定的时间，请您耐心等待，并随时与相关部门保持联系，了解进展情况。

第五步：对处理结果有异议的处理

如果您对乡（镇）人民政府的处理结果有异议，可以按照规定程序向上级政府或有关部门申请复核，要求对测量过程和结果进行再次审查。如果您对复核结果仍然不满意，或者乡（镇）人民政府拒绝调整确权面积，您可以依法申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

在处理这个问题的过程中，请始终保持冷静和理性，积极与相关部门沟通协商。同时，了解自己的权益和法律规定也是非常重要的。希望这些步骤能够帮助您解决土地确权证上面积少了的问题。