在非法经营烟草涉案金额98万的情况下，检察院是否不起诉需结合具体案情综合判断，但根据法律规定及实务经验，此类案件直接不起诉的可能性较低，不过仍存在特定情形下可能不起诉的情况。以下从不同角度进行分析：
一、直接不起诉可能性较低的原因
非法经营烟草属于严重扰乱市场秩序的犯罪行为，根据《刑法》第二百二十五条，非法经营烟草专卖品，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。涉案金额98万，通常会被认定为“情节特别严重”，因此，在一般情况下，检察院直接作出不起诉决定的可能性较低。
二、可能不起诉的特定情形
尽管直接不起诉的可能性较低，但仍存在以下特定情形下检察院可能不起诉的情况：
犯罪情节轻微且具有从轻情节
- 描述：若行为人犯罪情节轻微，并具有自首、坦白、退赃、认罪认罚等从轻情节，检察机关可能认为不需要判处刑罚而作出不起诉决定。
- 示例：若犯罪嫌疑人主动投案，如实供述犯罪事实，积极退赃，且认罪认罚，同时其非法经营行为未造成严重后果，检察机关可能会考虑不起诉。但需注意，涉案金额98万属于“情节特别严重”，此情形下不起诉的门槛较高，需综合其他从轻情节及社会危害性等因素综合判断。
犯罪事实不清、证据不足
- 描述：若现有证据不足以证明行为人实施了非法经营烟草的犯罪行为，或证据之间存在矛盾无法合理排除，检察机关将不起诉。
- 示例：若案件中缺乏关键证据，如销售记录、进货凭证等，或证据之间存在矛盾，无法形成完整的证据链，检察机关可能会因证据不足而不起诉。但此情形下，需确保证据确实无法证明犯罪行为，且检察机关会严格审查证据的充分性和关联性。
被动参与且情节轻微
- 描述：若行为人被动参与非法经营烟草活动，且情节轻微，如仅提供仓储等辅助服务，并表现出悔过态度，检察机关可能考虑不起诉。
- 示例：若犯罪嫌疑人仅受他人指使，提供仓库存放香烟，未直接参与销售活动，且未从中获取高额利润，同时表现出悔过态度，检察机关可能会考虑不起诉。但此情形下，需确保行为人确实未直接参与核心犯罪活动，且情节显著轻微。
超范围和地域经营但未造成严重后果
- 描述：若行为人虽有烟草专卖零售许可证，但超范围或地域经营，且未造成严重后果，检察机关可能考虑不起诉。但此情形通常适用于涉案金额较小、情节较轻的案件，对于涉案金额98万的情况，此情形不适用。
三、法律建议
- 积极配合调查：若涉嫌非法经营烟草，应积极配合公安机关和检察机关的调查工作，如实供述犯罪事实，争取从轻处理。
- 收集从轻证据：尽可能收集并保存能够证明自己犯罪情节轻微、具有从轻情节的证据，如自首材料、退赃凭证、认罪认罚书等。
- 咨询专业律师：在案件处理过程中，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及案件的可能走向和辩护策略。
综上所述，非法经营烟草涉案金额98万的情况下，检察院是否不起诉需结合具体案情综合判断。尽管直接不起诉的可能性较低，但仍存在特定情形下可能不起诉的情况。因此，建议涉嫌非法经营烟草的犯罪嫌疑人积极配合调查，收集从轻证据，并及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。如有任何法律问题，可直接向我咨询。