针对您提出的“合同上不含税但走了公户怎么办”的问题，这主要涉及到税务和财务处理两个方面。以下是我为您提供的详细解答：
一、税务处理
印花税计税依据：
- 根据《中华人民共和国印花税法》的相关规定，印花税的计税依据为合同所列的金额，且不包括列明的增值税税款。若合同上仅注明了不含税金额，但实际交易中涉及增值税，且该增值税未在合同中明确列明，那么在计算印花税时，通常应以合同列明的不含税金额作为计税依据（但需注意，若后续有补充协议明确含税金额与不含税金额的换算关系，且符合税务规定，则可能按补充协议处理）。不过，若合同实际执行中产生了增值税，且该增值税应计入合同金额（即合同金额应为含税金额），但合同上未注明，则可能存在税务风险，建议与税务机关沟通确认。
- 在您的情况下，如果合同上明确标注了不含税金额，且双方均按照不含税金额进行交易和开票，那么印花税的计税依据就是合同上的不含税金额。但需确保这种处理方式符合税务机关的要求，避免潜在的税务风险。
增值税处理：
- 既然合同上注明的是不含税金额，但款项却走了公户，这通常意味着在实际交易中，可能涉及到了增值税的支付和收取。在这种情况下，您需要确保增值税的发票开具和收取符合税务规定。
- 如果您是销售方，且需要向购买方收取增值税，那么您应在开具发票时，将不含税金额和增值税额分别列明，并确保购买方能够按照含税金额进行支付。
- 如果您是购买方，且支付了含税金额，但合同上注明的是不含税金额，那么您应要求销售方开具符合税务规定的发票，并确保发票上的金额与合同金额和实际支付金额一致。
二、财务处理
账户处理：
- 款项走了公户，意味着这笔交易已经通过公司的银行账户进行了结算。在财务处理上，您需要将这笔交易记录在公司的账簿上，并确保账簿上的记录与银行对账单上的记录一致。
- 如果合同上注明的是不含税金额，但实际支付的是含税金额，那么您需要在财务处理上将增值税额单独列示，并确保其符合税务和财务的规定。
内部审批和记录：
- 对于这种合同金额与实际支付金额不一致的情况，建议您在公司内部进行审批和记录，以确保交易的合法性和合规性。
- 可以制定相关的内部流程，要求销售或采购部门在签订合同时明确标注含税或不含税金额，并在实际交易发生时，按照实际金额进行支付和开票。
三、建议措施
与税务机关沟通：
- 鉴于税务处理的复杂性和地域性差异，建议您与当地的税务机关进行沟通，了解具体的税务处理要求和规定。
- 税务机关可以提供针对您具体情况的税务指导和建议，帮助您避免潜在的税务风险。
完善合同条款：
- 在未来的合同中，建议您明确标注含税或不含税金额，并约定好增值税的支付和收取方式。
- 这可以避免类似的税务和财务处理问题再次发生，并确保交易的顺利进行。
加强内部管理：
- 加强公司内部的财务管理和审批流程，确保所有交易都符合公司的财务和税务规定。
- 定期对公司的财务和税务处理进行自查和审计，及时发现并纠正潜在的问题。
综上所述，对于“合同上不含税但走了公户”的问题，您需要从税务和财务两个方面进行处理，并确保符合相关的规定和要求。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询税务机关或专业的财务顾问。