结论：公司和公司之间的纠纷，若一方公司以本公司员工的名义起诉，法院是否立案需视具体情况而定，但通常这种做法存在主体不适格的风险，法院可能不予立案或驳回起诉。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律主体资格的角度

1. 公司作为法律主体：公司是独立的法律主体，具有民事权利能力和民事行为能力，能够以自己的名义进行诉讼活动。因此，公司之间的纠纷应当由公司作为原告或被告进行诉讼。
2. 员工名义起诉的风险：若一方公司以本公司员工的名义起诉，这实际上是在试图通过员工个人名义来代表公司进行诉讼。然而，员工个人并不具备代表公司进行诉讼的法定资格，除非该员工被公司明确授权为诉讼代理人，并且这种授权符合法律规定的程序和要求。

二、诉讼程序的角度

1. 起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，起诉必须符合一定的条件，包括原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织，有明确的被告，有具体的诉讼请求和事实、理由，以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。若以员工名义起诉，可能因原告主体不适格而不符合起诉条件。
2. 法院审查：法院在受理案件时，会对起诉状进行审查，包括审查原告的主体资格。若发现原告主体不适格，法院可能会不予立案或驳回起诉。

三、实际操作的角度

1. 授权委托：若公司确实需要员工代表公司进行诉讼，应当通过正式的授权委托程序，明确员工的代理权限和范围，并确保这种授权符合法律规定的程序和要求。即使如此，起诉状上的原告仍应为公司本身，而非员工个人。
2. 避免混淆：在实际操作中，应避免将公司纠纷与员工个人纠纷混淆。公司纠纷应由公司作为主体进行诉讼，而员工个人纠纷则应由员工个人作为主体进行诉讼。

四、法律后果的角度

1. 不予立案或驳回起诉：若法院认为原告主体不适格，可能会不予立案或驳回起诉。这将导致诉讼程序无法继续进行，公司需要重新考虑诉讼策略或寻求其他解决纠纷的方式。
2. 法律责任：若公司故意以员工名义起诉以规避法律责任或进行其他不当行为，可能面临法律上的不利后果，包括被法院处罚或承担其他法律责任。

建议：在处理公司之间的纠纷时，应确保诉讼主体的适格性，避免以员工名义起诉等不当行为。若公司确实需要员工代表公司进行诉讼，应通过正式的授权委托程序进行，并确保起诉状上的原告为公司本身。若对公司纠纷的诉讼主体资格或诉讼程序有任何疑问，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。