结论：在支付令异议期间，若债务人主动履行债务，法院应当裁定终结督促程序。以下是对此问题的详细分析：

法律背景与依据

根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》的相关规定，当债务人对支付令提出异议后，法院会进行审查。若债务人在异议期间主动履行了支付令所确定的债务，这实际上表明债务人已经认可了支付令的效力，并愿意按照支付令的要求履行义务。在此情况下，支付令的目的已经实现，即债务已经得到清偿，因此法院应当裁定终结督促程序。

法律后果与影响

1. 终结督促程序：一旦法院裁定终结督促程序，支付令将自行失效（若尚未失效的话），因为债务已经得到履行，支付令的存在已无必要。
2. 债务履行确认：债务人主动履行债务后，法院会确认债务已经得到清偿，并据此作出终结督促程序的裁定。这一裁定具有法律效力，能够证明债务已经得到履行。
3. 债权人权益保障：对于债权人而言，债务人主动履行债务是其最期望的结果。在督促程序终结后，债权人无需再通过其他法律途径来追讨债务，从而节省了时间和成本。

实际操作建议

1. 债务人角度：若债务人在异议期间决定主动履行债务，建议及时与法院沟通，并提交相关履行证据（如转账记录、收据等），以便法院能够及时作出终结督促程序的裁定。
2. 债权人角度：若债权人得知债务人已经主动履行债务，可以与法院联系确认督促程序是否已经终结。若尚未终结，债权人可以请求法院尽快作出裁定，以便及时确认债务已经得到清偿。

特殊情况考虑

虽然一般情况下债务人主动履行债务会导致督促程序终结，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，若债务人履行债务后存在欺诈、恶意串通等违法行为，或者债权人对债务履行存在争议（如认为债务人未完全履行债务），则可能需要通过其他法律途径来解决争议。然而，在这些特殊情况下，督促程序的终结并不影响债权人通过其他法律途径来维护自己的权益。

总结：在支付令异议期间，若债务人主动履行债务，法院应当裁定终结督促程序。这一裁定具有法律效力，能够确认债务已经得到清偿，并保障债权人的合法权益。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。