若预付款已打进共管账户，但一方不配合，核心解决路径取决于共管协议的具体约定及不配合方的行为性质，具体分析如下：

1. 优先依据共管协议条款处理
   共管账户通常由双方签订书面协议明确管理规则（如资金使用条件、审批流程、违约责任等）。若协议中已约定“一方不配合时另一方可单方行使的权利”（如单方申请划款、解除共管等），则可直接依据协议主张权利。例如：

   • 协议约定“经一方书面催告后3日内仍不配合的，守约方有权单方申请银行划款”，此时可按流程向银行提交申请并留存催告证据（如邮件、短信、公证送达记录）；
     
   • 若协议未明确单方权利，但约定了争议解决方式（如仲裁或诉讼），则需通过法律程序确认不配合方违约，并要求其承担违约责任（如赔偿损失、继续履行等）。

2. 无协议或协议无效时的处理
   若未签订共管协议或协议因违反法律强制性规定（如未明确资金用途、损害第三方利益）被认定无效，则需回归《民法典》合同编的一般规则：

   • 协商解决：通过书面函件或会议纪要形式明确不配合方的具体行为（如拒绝签字、拖延审批）及对项目的影响，要求其限期改正；
     
   • 解除共管：若不配合行为导致合同目的无法实现（如项目停滞、资金闲置），可依据《民法典》第563条主张解除共管关系，并要求返还预付款或赔偿损失；
     
   • 证据固定：全程留存沟通记录（如微信、邮件）、银行流水、项目进度文件等，以证明不配合方的过错及己方损失。

3. 银行操作层面的注意事项
   共管账户的划款通常需双方共同出具指令或预留印鉴，若一方拒绝配合，银行可能拒绝单方操作。此时需：

   • 向银行出具共管协议（证明双方对资金管理有约定）；
     
   • 若协议赋予单方权利，需同步提交催告记录及不配合方的违约证据；
     
   • 若银行仍拒绝，可向法院申请“行为保全”或“先予执行”，要求银行协助划款。

建议行动步骤：

1. 立即梳理共管协议条款，明确己方权利边界；
   
2. 向不配合方发送书面《履约催告函》，固定其违约证据；
   
3. 若协商无果，根据协议约定或法律规定启动仲裁/诉讼程序；
   
4. 同步与银行沟通，提供协议及催告证据，争取单方划款支持。
   

如需进一步分析协议条款或制定具体方案，可直接向我咨询。