摩托车加装边箱是否会被交警认定为非法改装，以及合法加装需要办理哪些手续，这主要取决于边箱的加装是否改变了摩托车的原有结构、性能或外观，并且是否符合相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、非法改装的认定

1. 改变原有结构或性能：如果加装的边箱改变了摩托车的原有结构（如车架、悬挂系统等）或性能（如影响车辆的稳定性、操控性等），那么这种加装很可能被认定为非法改装。
2. 外观改变：即使边箱没有改变摩托车的结构或性能，但如果其加装后显著改变了摩托车的外观，且这种改变未经过相关部门的批准或备案，也可能被视为非法改装。特别是当边箱的颜色、形状或尺寸与原车存在显著差异时，更容易引起交警的注意。
3. 法律法规依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。因此，如果加装边箱违反了这些规定，就可能被认定为非法改装。

二、合法加装的手续

1. 了解相关规定：在加装边箱之前，应首先了解当地关于摩托车改装的法律法规和规定，确保加装行为符合法律要求。
2. 选择合规产品：选择质量可靠、符合安全标准的边箱产品，并确保其加装后不会影响摩托车的结构、性能或外观。
3. 办理备案手续：如果加装边箱需要改变摩托车的原有结构或外观，并且这种改变需要经过相关部门的批准或备案，那么应按照规定办理相关手续。这通常包括向车辆管理所提交申请、提供相关证明材料（如边箱的合格证、安装图纸等）、接受车辆检验等步骤。
4. 保留相关证据：在办理完备案手续后，应妥善保留相关证据（如备案证明、安装发票等），以备日后查验。

三、建议与注意事项

1. 谨慎加装：在加装边箱之前，应充分考虑其可能带来的安全风险和法律后果。如果加装后确实需要改变摩托车的结构或外观，并且这种改变可能违反法律法规的规定，那么建议不要进行加装。
2. 咨询专业人士：如果不确定加装边箱是否合法或需要办理哪些手续，可以咨询当地的车辆管理所或专业律师以获取准确的信息和建议。
3. 遵守交通规则：无论是否加装边箱，都应严格遵守交通规则和安全驾驶要求，确保自己和他人的安全。

总结来说，摩托车加装边箱是否会被交警认定为非法改装取决于多种因素，包括边箱的加装是否改变了摩托车的原有结构、性能或外观，并且是否符合相关法律法规的规定。如果需要进行合法加装，应了解相关规定、选择合规产品、办理备案手续并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。