摩托车尾箱若被认定为非法改装，将面临责令恢复原状、警告或罚款等行政处罚。具体来说，我们可以从以下几个方面来详细分析：
一、法律依据与非法改装定义
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。摩托车尾箱若未经批准擅自加装，且改变了摩托车的原有结构或外观，就可能被认定为非法改装。
二、常见改装情形及处罚
外观改装：摩托车加装尾箱属于外观改装的一种。根据《机动车登记规定》，擅自改变机动车外形和技术数据的，将被责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。如果未办理变更登记，还可能面临警告或者二百元以下罚款的处罚。
其他相关改装处罚：虽然直接针对摩托车尾箱的处罚规定可能并不明确，但我们可以参考其他类似改装情形的处罚。例如，更换高性能排气筒、强光氙气灯等改装，都可能因违反安全技术标准或影响他人视线而面临罚款、恢复原状等处罚。摩托车尾箱若被认定为影响行驶安全或违反相关规定的，同样可能面临类似处罚。
三、合法改装与备案程序
合法改装：如果车主确实需要加装摩托车尾箱，应事先了解当地法律法规，确保改装行为合法。部分地区可能允许在特定条件下进行合法改装，但通常需要车主进行备案或申请审批。
备案程序：车主在进行合法改装前，应咨询当地交通管理部门或相关机构，了解具体的备案程序和要求。通常需要提交相关材料，如改装方案、车辆照片等，并经审核批准后方可进行改装。
四、法律责任与后果
行政处罚：非法改装摩托车将面临罚款、扣分、暂扣车辆乃至吊销驾驶证的处罚。具体处罚力度将根据改装情节的严重程度和当地法律法规的规定而定。
强制恢复原状：被查处的非法改装摩托车需在规定时间内恢复至原出厂状态，并通过检验合格后方可上路行驶。否则，将面临进一步的处罚。
其他法律责任：若非法改装导致交通事故或其他严重后果，车主或驾驶员可能面临刑事责任及其他法律责任的追究。例如，因改装导致的交通事故中，车主或驾驶员可能需要承担民事赔偿责任或刑事责任。
五、建议与注意事项
咨询当地交通管理部门：车主在进行摩托车改装前，应咨询当地交通管理部门或相关机构，了解具体的法律法规和程序要求。
选择正规改装店：车主应选择正规、有资质的改装店进行改装，确保改装质量和安全性。避免选择非法改装店或自行进行改装，以免引发安全隐患和法律问题。
保留改装凭证和记录：车主应保留改装前后的凭证和记录，以备查验。这些凭证和记录可以作为车主合法改装的证明，避免不必要的法律纠纷。
遵守交通规则：无论摩托车是否进行改装，车主都应遵守交通规则，安全驾驶。避免因改装导致的行驶安全隐患和交通事故的发生。
如果您对摩托车尾箱改装的具体法律规定或处罚措施有疑问，或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。