在运输合同中，买卖双方（即托运方和承运方）确实都需要缴纳印花税。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与纳税义务
主要法规：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及其附件《印花税税目税率表》的规定，运输合同（包括货运合同和多式联运合同，但不含管道运输合同）属于应税合同范畴。这意味着，在中华人民共和国境内书立应税凭证的单位和个人，包括运输合同的托运方和承运方，均为印花税的纳税人。
税率与计算：
- 运输合同的印花税税率为运输费用的万分之三。计算公式为：印花税 = 合同价款（不含增值税税款）× 0.03%。双方需根据合同所载明的运输费用，按照这一税率计算应缴纳的印花税。
二、具体缴纳规定
一般情况：
- 托运方：作为货物的交付方，与承运方签订货物运输合同，其书立合同的行为属于印花税应税行为，需按运输费用的万分之三缴纳印花税。
- 承运方：负责将货物从起运地点运输到约定地点，与托运方签订的运输合同是其业务依据，同样需按运输费用的万分之三缴纳印花税。
特殊情况：
- 运费金额不明确：如果合同中未明确注明运费金额，则按照合同所载明的运输费用的万分之五来计税并贴花（但需注意，此处的万分之五并非运输合同的标准税率，而是在运费金额不明确时的特殊处理方式，实际操作中应尽可能明确运费金额以避免不必要的税务风险）。不过，在大多数情况下，运输合同会明确注明运费金额，因此应优先按照万分之三的税率计算印花税。
- 国际货运：由我国运输企业负责的国际货运，不论在境内还是境外起运或到达，均属我国对外贸易货物范畴，应由我国运输企业按规定缴纳印花税。而外国运输企业运输的我国对外贸易货物，则不需缴纳印花税。
- 代理业务：在代理购销业务中，若代购代销行为仅由受托方与委托方签订合同，且销售方开具发票给委托方并由受托方转交，则由受托方就代购代销业务的销售额开具增值税发票，并按规定缴纳印花税。但若受托方以委托方名义直接与购销单位签订合同，且不垫付资金、不承担法律责任、只收取手续费，则不应再就委托方和受托方之间的经济往来书立合同而缴纳印花税。不过，这一规定主要针对代理购销业务，与运输合同的印花税缴纳无直接关联，但可作为理解印花税纳税义务的一个参考。
三、缴纳流程与会计处理
- 缴纳流程：印花税不需要计提，实际缴纳时，双方需根据合同金额和税率计算应缴税费，并在规定期限内将税款存入税务部门指定账户。
- 会计处理：实际缴纳印花税时，会计分录为：借“税金及附加—印花税”，贷“银行存款”。
四、注意事项
- 计税依据：印花税的计税依据为合同所列金额，不包括列明的增值税税款。因此，在计算印花税时，需确保合同金额中不包含增值税部分。
- 合规操作：双方应仔细审查合同条款，确保正确计算税额并及时申报缴纳印花税。如有疑问或需进一步法律帮助，可以直接向我咨询，以确保合规操作并避免法律风险。
综上所述，运输合同中的买卖双方（托运方和承运方）均需依法缴纳印花税，且税率通常为运输费用的万分之三。双方应严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营。