运输合同印花税主要涉及货运合同及多式联运合同（不含管道运输合同），以下是对这一问题的详细分析：

1. 应税范围：

   • 货运合同：涵盖民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输及联运合同。这些合同均属于应税合同范畴，需按运输费用缴纳印花税。
   • 多式联运合同：指多式联运经营人以两种以上不同运输方式负责将货物从接收地运至目的地，并收取全程运费的合同。同样属于应税合同，需缴纳印花税。
   • 管道运输合同：根据《中华人民共和国印花税法》及其所附《印花税税目税率表》，管道运输合同不属于上述应税合同范畴中的货运或多式联运合同，其印花税税率及缴纳规定与一般运输合同有所不同，管道运输合同本身并不在常规讨论的“运输合同印花税”应税范围内（若特指管道运输合同印花税，则其税率为运输费用的万分之三，但此情况较为特殊，不常见于一般运输合同印花税讨论中）。在常规语境下，我们讨论的运输合同印花税主要指货运合同及多式联运合同。

2. 税率及计税依据：

   • 税率：货运合同及多式联运合同的印花税税率为运输费用的万分之三。
   • 计税依据：为合同所列运输费用金额，不包含列明的增值税税款。若合同中未明确注明运费金额，则可能按照相关规定进行估算或按其他标准计税。

3. 纳税义务人：

   • 在货物运输合同中，印花税的缴纳方为合同的双方，即托运方和承运方。双方需严格按照《中华人民共和国印花税法》及相关规定申报和缴纳印花税。

4. 特殊规定：

   • 国际货运：由我国运输企业运输的，运输企业以本程运费为计税依据，托运方以全程运费为计税依据；由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业免纳印花税，托运方以运费金额为计税依据缴纳印花税。
   • 非运输合同：企业与物流企业签订的仓储保管合同、装卸搬运合同不属于运输合同范畴，不缴纳运输合同印花税。仓储保管合同按仓储保管费用的千分之一缴纳印花税，装卸搬运合同目前不属印花税应税凭证，无需缴纳。

5. 实例说明：

   • 假设甲公司与乙运输公司签订了一份货物运输合同，合同约定运输费用为100万元。那么，甲公司和乙运输公司应分别缴纳的印花税计算如下：\(1000000元 \times 0.03\% = 300元\)。

总结与建议： 在签订运输合同时，双方应明确合同类型、运输费用及计税依据，以确保正确计算税额并及时申报缴纳印花税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。