在运输合同中，印花税的缴纳方通常为合同的双方，即托运方和承运方。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与纳税义务
主要法规：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及其附件规定，运输合同（包括货运合同和多式联运合同，但不含管道运输合同）属于应税凭证，合同双方均为印花税纳税人，需按法律规定缴纳印花税。
- 具体来说，运输合同的印花税税率为运输费用的万分之三。计税依据为合同所列运输费用金额，不包含列明的增值税税款。
纳税义务：
- 托运方：作为货物的交付方，与承运方签订货物运输合同，其书立合同的行为属于印花税应税行为，需按运输费用的万分之三缴纳印花税。
- 承运方：负责将货物从起运地点运输到约定地点，与托运方签订的运输合同是其业务依据，同样需按运输费用的万分之三缴纳印花税。
特殊情况的考虑
运费金额不明确的情况：
- 如果合同中未明确注明运费金额，则按照合同所载明的运输费用的万分之五来计税并贴花（但需注意，根据最新法规，通常情况下的税率为万分之三，此处提及万分之五可能是特定情境下的规定或旧法规的残留，实际操作中应以最新法规为准，若合同无明确运费且无法确定，建议咨询税务部门）。不过，在大多数常规情况下，我们依据的是明确的运费金额和万分之三的税率。
国际货运特殊情况：
- 由我国运输企业负责的国际货运，不论在境内还是境外起运或到达，均属我国对外贸易货物范畴，应由我国运输企业按规定缴纳印花税。托运方则按全程运费计税。
- 外国运输企业运输的我国对外贸易货物，不需缴纳印花税。
非书面合同的处理：
- 如通过电子数据交换、电子邮件等方式达成运输服务约定，同样需按规定征收印花税。
- 若仅通过口头约定且无任何书面或电子形式凭证，则不属于印花税征税范围。但这种情况在实际操作中较为少见，且存在法律风险，建议尽量避免。
实际操作建议
仔细审查合同条款：
- 在签订运输合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于运费金额和印花税缴纳的部分，确保合同内容明确、合法合规。
及时申报缴纳印花税：
- 双方需在合同签订后，根据合同金额和税率计算应缴税费，并在规定期限内将税款存入税务部门指定账户。逾期缴纳可能会面临罚款等法律后果。
咨询税务部门或专业律师：
- 如果对印花税的缴纳存在疑问或需要进一步的法律帮助，建议直接向我咨询。我可以根据具体情况提供准确的法律意见和操作建议。
总结来说，运输合同中的印花税缴纳是合同双方的法律义务，双方需严格按照《中华人民共和国印花税法》及相关规定申报和缴纳印花税。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我提问。