企业被吸收合并时，出资人的出资将随被合并企业的资产和负债一并转移至吸收合并方，出资人成为吸收合并方的股东（或出资人），出资份额按合并协议约定或法律规定处理。以下是详细说明：

1. 出资份额的转移与继承
   根据《公司法》第174条，企业吸收合并时，被合并方的法人资格消灭，其全部资产、负债由吸收合并方承继。出资人的出资作为企业资产的一部分，自然转移至吸收合并方。出资人无需额外操作，其股东身份（或出资人身份）直接转为吸收合并方的股东（或出资人），出资份额按合并协议约定的比例或法定规则折算为吸收合并方的股权（或出资额）。

2. 合并协议的核心作用
   合并协议是处理出资人权益的关键文件。协议中需明确约定：

   • 出资份额的折算方式（如按净资产评估值、注册资本比例等）；
     
   • 异议出资人的权利（如现金选择权、退出机制）；
     
   • 合并后公司的治理结构（如董事会席位、表决权分配）。
     若协议未约定，则依据《公司法》第173条，需经代表三分之二以上表决权的股东通过合并决议，并依法履行通知债权人、公告等程序。

3. 异议出资人的保护机制
   若出资人对合并有异议，可依据《公司法》第74条（有限责任公司）或第142条（股份有限公司）行使回购请求权：

   • 有限责任公司：异议股东可要求公司以合理价格回购其股权；
     
   • 股份有限公司：异议股东在股东大会决议通过后60日内，可与公司协商回购，或向法院起诉。
     若合并方为上市公司，异议股东还可通过证券市场转让股份退出。

4. 实务操作中的注意事项

   • 资产评估与审计：合并前需对被合并方进行全面评估，确保出资份额折算的公平性；
     
   • 程序合规性：合并需履行内部决策程序（如股东会决议）和外部登记手续（如工商变更登记）；
     
   • 税务处理：合并可能涉及企业所得税、增值税等，需按税法规定申报缴纳。

建议：若您作为出资人面临企业吸收合并，务必仔细审查合并协议条款，尤其是权益折算、异议处理等内容。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案例为您分析合并方案的法律风险与权益保障措施。