针对您提出的“公司被吸收合并后，原申请的政府资金如何处理”这一问题，我会结合相关政策与实际操作流程，为您进行详细解答。
首先，需要明确的是，公司被吸收合并后，其原有的资产、负债、权利与义务（包括已申请的政府资金）原则上会由合并后的公司承继。但具体处理方式还需根据政府资金的性质、用途以及合并协议中的相关条款来确定。
一、政府资金性质与用途的考量
专项资金：如果原公司申请的政府资金是专项用于特定项目或目的的，那么合并后的公司需要继续按照资金使用规定，将资金用于原定项目或目的。此时，应与政府相关部门沟通，确认资金使用的连续性和合规性。
补贴或奖励：若政府资金是以补贴或奖励的形式发放，且没有特定使用限制，那么合并后的公司可以将其纳入公司整体财务规划中，但需注意遵守相关税收和财务规定。
二、合并协议中的条款
在吸收合并过程中，合并协议通常会明确双方的权利与义务，包括资产、负债的承继方式。因此，您需要仔细审查合并协议中关于政府资金处理的条款：
明确承继：如果协议中明确规定了政府资金由合并后的公司承继，那么您只需按照协议执行即可。
未明确承继：若协议中未提及政府资金的处理方式，您应及时与合并方及政府相关部门沟通，协商确定资金的处理方案。
三、与政府相关部门的沟通
无论政府资金性质如何，合并后的公司都应主动与发放资金的政府相关部门进行沟通，说明合并情况，并咨询资金的具体处理方式。政府相关部门可能会要求您提供合并协议、资金使用情况报告等相关材料，以便进行审批或备案。
四、税务处理
在吸收合并过程中，税务处理也是一个重要环节。根据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)等相关政策，企业重组可能涉及企业所得税的特殊性税务处理。因此，您需要关注税务机关对合并事项的裁定意见，并确保合并过程中的税务处理符合政策规定。
五、实际操作建议
提前规划：在合并前，应提前规划政府资金的处理方式，并与合并方达成一致意见。
完善资料：准备齐全的相关材料，如合并协议、资金使用情况报告等，以便与政府相关部门沟通。
及时沟通：合并后，及时与政府相关部门沟通资金处理情况，确保合规性。
综上所述，公司被吸收合并后，原申请的政府资金的处理方式需根据资金性质、用途以及合并协议中的相关条款来确定。建议您在合并过程中保持与政府相关部门的密切沟通，确保资金处理的合规性和连续性。