事业单位女职工在流产假期间，其绩效工资通常不应被扣除，但具体处理需结合单位规定和劳动合同条款来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、法律基础与流产假规定

根据《女职工劳动保护特别规定》及《中华人民共和国劳动法》的相关规定，女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。这是法定的流产假，单位必须批准并给予相应的待遇保障。在产假期间，用人单位应当视为女职工提供了正常劳动并支付工资，这里的“工资”通常包括基本工资等固定部分，且不应被克扣。

二、绩效工资的具体处理

1. 基础性绩效工资：

   • 基础性绩效工资通常是按照岗位、职称等因素确定的固定部分。在女职工流产产假期间，只要她符合相应条件（如岗位在职、职称未变等），这部分绩效工资不应被扣除。

2. 奖励性绩效工资：

   • 奖励性绩效工资与工作业绩、工作表现等挂钩，是浮动的部分。如果女职工因流产休产假而无法像正常上班时一样完成工作任务或达到绩效指标，单位有可能根据自身制定的绩效工资考核办法适当调整这部分奖励性绩效工资。但单位的考核办法必须合理合法，且在制定过程中应经过民主程序并向员工公示。如果考核办法过于严苛或不合理地损害女职工权益，女职工有权提出异议并要求调整。

三、单位规定与劳动合同的重要性

• 单位的具体规定和劳动合同中的相关条款对于绩效工资的处理具有决定性影响。如果单位的规定或合同中明确规定了女职工在流产假期间绩效工资的处理方式（如是否扣除、如何扣除等），则应按照规定执行。
• 如果没有明确规定，单位在扣除绩效工资时需谨慎处理，确保遵循公平、公正的原则，避免侵犯女职工的合法权益。

四、维权途径与建议

• 如果女职工认为单位不合理地克扣了绩效工资，首先应与单位人事部门沟通，说明情况并依据相关法律法规要求恢复应得的工资待遇。
• 若沟通不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，女职工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、流产假证明等，以便在需要时提供证明。

总结与建议：事业单位女职工在流产假期间的绩效工资处理需综合考虑法律规定、单位规定及劳动合同条款等多方面因素。在处理过程中，单位应遵循公平、公正的原则，确保女职工的合法权益不受侵害。如果女职工遇到绩效工资被不合理扣除的情况，应及时与单位沟通并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。