结论：相对不起诉16年后纪委给予处分是否合法，需结合具体情况判断，主要看纪委处分的依据、程序以及是否超过追责时效。以下从多个角度进行分析：

一、相对不起诉的法律含义

相对不起诉，又称酌定不起诉，是指人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，可以作出不起诉决定。这并不意味着被不起诉人完全无罪，而是基于法律和政策考量，认为不需要对其判处刑罚。

二、纪委处分的法律依据与程序

纪委（纪检监察机关）对党员干部的处分，主要依据《中国共产党纪律处分条例》等相关党内法规。处分种类包括警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。纪委在作出处分决定时，需遵循严格的程序，包括初步核实、立案审查、审理、作出处分决定等步骤。

三、相对不起诉后纪委处分的合法性分析

1. 处分依据的合法性：

   • 如果纪委的处分决定是基于被不起诉人违反党纪的行为，且该行为在相对不起诉决定作出时已存在或被发现，那么纪委的处分决定在依据上是合法的。
   • 纪委的处分并不完全依赖于司法机关的判决或不起诉决定，而是基于党纪党规的独立判断。

2. 处分程序的合法性：

   • 纪委在作出处分决定时，必须遵循党内法规规定的程序。如果程序合法，那么处分决定在程序上是合法的。
   • 处分程序的合法性包括立案、审查、审理、决定等各个环节的合规性。

3. 追责时效的问题：

   • 对于违纪行为，党内法规通常规定了追责时效。如果违纪行为发生在多年前，且已超过追责时效，那么纪委一般不应再对此进行处分。
   • 但需注意的是，如果违纪行为是连续的或持续的，或者后续发现了新的违纪事实，那么追责时效可能会重新计算。
   • 具体到本题，如果相对不起诉决定作出后16年，纪委才发现或确认了被不起诉人之前的违纪行为，且该行为未超过追责时效（或因连续、持续行为而重新计算时效），那么纪委的处分决定在时效上是合法的。

四、特殊情况与例外

• 如果被不起诉人在相对不起诉决定作出后，又发现了新的违纪或违法行为，且该行为与之前的行为相关联或独立构成违纪，那么纪委当然可以对此进行处分。
• 另外，如果纪委在作出处分决定时，发现了之前未掌握的、与相对不起诉决定相关但未被司法机关认定的违纪事实，那么纪委也可以基于这些新事实进行处分。

五、建议与行动

• 如果您认为纪委的处分决定不合法或存在争议，您可以向纪委提出申诉或复议申请，要求重新审查处分决定的合法性和合理性。
• 在申诉或复议过程中，您可以提供相关证据和法律依据，以支持您的观点。
• 如果申诉或复议结果仍不满意，您还可以考虑通过法律途径解决争议，如向人民法院提起行政诉讼（如果处分决定涉及行政处分且符合行政诉讼受案范围）。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅为一般性指导。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。